GSE179946：通过母体血液转录组分析鉴定妊娠期大子代综合征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE179946

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

体外生产牛胚胎可能导致大胎/异常后代综合征（LOS），该病症以巨大儿、巨舌、脐膨出和胎盘异常为特征。LOS可导致母牛和犊牛死亡。目前尚无检测方法可识别LOS妊娠。我们假设母体血液标志物可用于识别LOS。牛胎儿通过人工授精（对照组）或体外生产获得。在妊娠第56天或第105天进行手术采集胎儿。在妊娠第55天和第105天采集母体血液。在第56天和第105天，体外生产的胎儿体重超过人工授精体重第97百分位者被视为LOS。为确定母体血液是否可用于在妊娠第55天和/或第105天识别LOS，分离了23头妊娠母牛的白细胞mRNA并使用短读长平台进行测序。无监督聚类将20个样本按动物（n=10头小母牛）而非按妊娠阶段分组。白细胞基因表达分析显示，携带两个最大LOS胎儿的母牛中有超过3，500个差异表达基因。

总之，我们的研究表明，来自d105母体白细胞的ATF7IP转录本量可能有助于识别LOS的极端病例。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。