牛IVF与scNT胚胎母源到胚胎过渡期mRNA和sncRNA表达谱比较[mRNA]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE178436

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

通过体细胞核移植（scNT）生产具有高发育能力的胚胎，其效率远低于体外受精（IVF）胚胎，这可能是由于基因组重编程错误的积累导致RNA转录本异常表达，包括信使RNA（mRNA）以及可能的微小RNA（miRNA）。因此，我们的目标是利用RNAseq技术，在母源到胚胎转变（MET）的背景下，确定早期发育的scNT和IVF胚胎中mRNA表达的动态变化，并将克隆胚胎中明显的转录失调与miRNA表达谱相关联。scNT与IVF胚胎之间的比较显示出大规模的转录组差异，这些差异在8细胞期和桑椹胚期对于与MET关键生物学功能相关的基因最为明显。对于先前在scNT桑椹胚中鉴定为差异表达的两个miRNA——miR-34a和miR-345，与一些预测的mRNA靶标之间存在明显的负相关，尽管这种相关性在大多数预测靶标中并不普遍。

此外，尽管在牛scNT胚胎的MET过程中，mRNA表达出现了明显的广泛异常，但这些变化与同一发育阶段miRNA表达的异常并不一致相关，提示可能涉及其他控制基因表达的机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。