小鼠颈动脉体与肾上腺髓质表达谱 [Affymetrix]
该数据集来自 ebi.ac.uk,为小鼠颈动脉体与肾上腺髓质的基因表达谱微阵列数据。颈动脉体是感知血氧下降以在缺氧时增加呼吸的化学感受器,研究将其与成年期不具氧敏感性的肾上腺髓质进行比较,以寻找颈动脉体中候选的氧传感器
![Expression profile of mouse carotid body and adrenal medulla [Affymetrix]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/139206.jpg)
基本信息
资源简介
小鼠颈动脉体与肾上腺髓质表达谱 [Affymetrix]
该数据集为小鼠颈动脉体与肾上腺髓质的基因表达谱微阵列数据,来源于 ebi.ac.uk,主题标签为 transcription profiling by array 与 Mus musculus,本站将其归入泌尿生殖系统疾病 / 其他分类。颈动脉体是感知血氧下降、从而在缺氧时增加呼吸的化学感受器;为寻找颈动脉体中候选的氧传感器,研究将其基因表达与肾上腺髓质进行比较,后者是结构相似但在成年期不具氧敏感性的组织。数据集通过微阵列转录谱分析,为比较这两种组织在氧感知相关功能上的表达差异提供了基础数据资源。
【数据集背景】
颈动脉体是机体的化学感受器,能够感知血液氧含量的下降,并通过反射性调节增加呼吸,以应对缺氧状态。寻找颈动脉体中负责氧感知的候选分子,是理解这一生理过程的关键环节。肾上腺髓质在解剖与组织学上与颈动脉体具有相似性,但在成年动物中不具备氧敏感性,因此成为理想的对照组织。该研究正是基于这一对照设计,通过比较两种组织的基因表达差异,筛选颈动脉体中可能参与氧感知的候选氧传感器。
【数据内容】
该数据集为转录谱微阵列(transcription profiling by array)数据,物种为小鼠(Mus musculus),研究对象为小鼠颈动脉体与肾上腺髓质两种组织的基因表达谱。数据以分组形式组织,组号用于标识来自同一批动物的样本队列。数据集英文名称为 Expression profile of mouse carotid body and adrenal medulla [Affymetrix],表明其检测平台为 Affymetrix 微阵列。除上述组织类型、物种与分组信息外,源站未提供关于探针数量、基因数目或具体表达矩阵的进一步说明。
【采集与来源】
样本来自 10 只成年小鼠。每个样本由多个组织合并而成:颈动脉体样本每份混合 18 个颈动脉体,肾上腺髓质样本每份混合 10 个肾上腺髓质,均取自这 10 只成年小鼠。分组编号用于标示属于同一动物队列的样本。数据来源站为 ebi.ac.uk。关于动物品系、饲养条件、取材时间及 RNA 提取与杂交实验的具体流程,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于比较小鼠颈动脉体与肾上腺髓质之间基因表达差异的研究场景,尤其适合用于筛选颈动脉体中候选的氧传感器基因,以及探讨成年期不具氧敏感性的肾上腺髓质与具氧敏感性的颈动脉体在转录水平上的异同。此外,也可作为缺氧感知与化学感受相关机制研究的参考表达谱资源。由于数据仅涉及两种组织与有限样本,不适用于其他组织类型或非小鼠物种的直接推断。
【使用方法】
使用时应以分组编号识别来自同一动物队列的样本,注意每个样本为多组织合并的混样,而非单只动物的单组织样本。比较分析应以颈动脉体与肾上腺髓质两组之间的表达差异为核心,围绕氧感知相关候选基因的筛选进行解读。关于数据文件格式、预处理步骤与统计分析方法,源站未提供,需依据数据文件本身及所用微阵列分析流程确定。
【质量与限制】
该数据集的样本采用合并策略(每份颈动脉体样本含 18 个组织,每份肾上腺髓质样本含 10 个组织,均来自 10 只成年小鼠),分组编号对应同一动物队列,这一设计有助于降低个体差异,但混样也意味着无法获得单只动物的表达信息。数据仅覆盖颈动脉体与肾上腺髓质两种组织,且为微阵列转录谱,不包含蛋白水平或其他组学层面的信息。关于重复数量、数据质控指标及批次信息,源站未提供。
【引用与许可】
数据来源站为 ebi.ac.uk。关于该数据集的具体引用文献、作者信息及使用许可条款,源站未提供。
下载信息
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数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-GEOD-72133
标准获取流程:
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
E-GEOD-72133 小鼠颈动脉体和肾上腺髓质的表达谱 [Affymetrix] 通过芯片进行转录谱分析 EFO EFO_0002768 小家鼠 颈动脉体是一种化学感受器,可感知血氧下降以在缺氧时增加呼吸。为寻找候选氧传感器
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