DH06 猪肾上腺 ACTH 应激反应数据集
该数据集来自 ebi.ac.uk,收录大白猪与梅山猪在未处理或注射哺乳动物 1-24 ACTH 后的肾上腺样本,共 47 个样本,采用芯片进行转录组分析

基本信息
资源简介
DH06 猪肾上腺 ACTH 应激反应数据集
DH06 Adrenal ACTH Sus scrofa 数据集来自 ebi.ac.uk,聚焦于猪肾上腺在应激相关处理下的转录组变化。该数据集以大白猪与梅山猪为研究对象,对动物分别进行未处理或注射哺乳动物 1-24 ACTH 的处理,并在处理后采集肾上腺组织用于基因表达分析。数据集共收录 47 个样本,采用转录 profiling by array 的技术路线,主题标签为 transcription profiling by array 与 Sus scrofa。整体而言,该数据集为研究猪肾上腺在 ACTH 刺激下的转录响应提供了样本层面的资源,适用于应激反应、肾上腺功能与基因表达调控等方向的分析工作。
【数据集背景】
该数据集围绕应激反应与肾上腺功能展开。源站描述指出,研究涉及大白猪与梅山猪两个品种,动物要么不接受处理,要么接受哺乳动物 1-24 ACTH 注射,剂量为每只动物 250 µg。ACTH 是下丘脑-垂体-肾上腺轴中的关键激素,其注射处理可用于模拟或触发肾上腺的应激相关响应。数据集的关键词包括 stress response、adrenal、gene expression 与 pig,表明其核心关注点在于猪肾上腺在应激相关刺激下的基因表达变化。本站将其归类于泌尿生殖系统疾病 / 其他类别。
【数据内容】
数据集包含 47 个样本,采用芯片进行转录组分析,主题标签为 transcription profiling by array 与 Sus scrofa。样本来源于猪的肾上腺组织,涵盖未处理与 ACTH 注射两类处理条件,并涉及大白猪与梅山猪两个品种。源站描述中列出的关键词为 stress response、adrenal、gene expression、pig。除上述样本数量、物种、组织与处理信息外,源站未提供关于具体基因数量、差异表达结果或芯片平台型号的进一步说明。
【采集与来源】
根据源站描述,动物在接受处理后被处死:未处理动物在从原饲养笼中取出后立即处死,ACTH 注射动物则在注射后 1 小时处死。肾上腺组织随即从猪体内采集,置于干冰上冷冻,随后在 -80°C 条件下保存,直至进行 RNA 分离。ACTH 为哺乳动物 1-24 ACTH(Immediate Synachten,Novartis France),剂量为每只动物 250 µg。数据来源站为 ebi.ac.uk。
【适用场景】
该数据集可用于研究猪肾上腺在 ACTH 刺激下的转录组响应,比较未处理与 ACTH 注射条件下的基因表达差异,并可在品种层面考察大白猪与梅山猪的响应特征。结合其关键词,适用方向包括应激反应的分子机制、肾上腺基因表达调控以及猪作为研究模型的相关转录组分析。由于样本涉及两个品种与两种处理条件,也适合用于处理与品种因素相关的表达模式探索。
【使用方法】
该数据集以芯片转录组数据形式提供,样本总数为 47。使用时可依据处理条件(未处理与 ACTH 注射)以及品种(大白猪与梅山猪)对样本进行分组,开展基因表达比较分析。具体的芯片平台信息、数据文件格式与预处理流程,源站未提供。
【质量与限制】
源站描述提供了样本处理、组织采集与保存的流程信息,包括处死时间点、组织冷冻与 -80°C 保存以及 RNA 分离等环节。数据集样本量为 47,涉及两个品种与两种处理条件。关于数据质量评估指标、重复样本数量、批次信息以及潜在的混杂因素,源站未提供。使用时应注意样本量在各分组间的具体分布情况,源站未提供该分布信息。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-GEOD-8377
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
E-GEOD-8377 DH06 肾上腺 ACTH 猪 转录组谱分析 采用芯片 EFO EFO_0002768 大白猪和梅山猪要么未经处理,要么注射哺乳动物1-24 ACTH(即用型Synachten,法国诺华公司),剂量为每只动物250微克。猪在以下时间点被处死:
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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