MSP7旁系同源蛋白功能分化证据的分子进化与系统发育分析数据

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源站：https://doi.org/10.5061/dryad.3qk84

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数据集大小约 83.7 KB。

数据说明

背景：裂殖子表面蛋白7（MSP7）是一种参与寄生虫入侵的疟原虫蛋白，其编码基因属于一个多基因家族。已有研究提出，MSP7旁系同源蛋白似乎在功能上冗余；然而，近期实验提示它们可能具有不同的作用。结果：msp7多基因家族已在最新可用的疟原虫基因组中得到描述；研究采用不同的分子进化方法，在12个物种中建立了系统发育关系，以评估MSP7成员之间的功能分化。基因扩张与收缩主导了msp7家族的进化；然而，某些成员可能经历了协同进化。分子进化分析表明，松弛选择和/或强化选择调控了疟原虫msp7旁系同源基因的进化。此外， episodic diversifying selection（偶发性多样化选择）和进化速率的变化提示，某些旁系同源蛋白已在功能上发生分化。结论：尽管msp7主要按照生灭进化模型进化，但某些旁系同源基因之间发生了基因转换，使其得以维持功能冗余。

另一方面，一些MSP7旁系同源物的进化速率已经发生改变，并且经历了放松或增强（正）选择，表明存在功能分化。这可能意味着某些MSP7在寄生虫入侵过程中能够形成不同的寄生虫蛋白复合物和/或识别不同的宿主受体。这些结果突显了该基因家族在疟原虫属中的重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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