多基因方法揭示血孢子虫系统发育的数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.72fg9

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数据集大小约 794.6 KB。

数据说明

顶复门血孢子虫目是一个单细胞血液寄生虫的进化支，能感染多种爬行动物、鸟类和哺乳动物宿主。其中包含人类疟疾的病原体——疟原虫属寄生虫，对人类健康构成重大威胁。阐明血孢子虫目的进化历史，有助于我们理解其庞大的生物多样性，以及追踪多次宿主转换和相关新型生活史特征的获得。然而，由于用于系统发育分析的数据集在基因覆盖度或分类单元采样上均严重受限，主要血孢子虫进化支之间的深层系统发育关系一直是个谜。我们采用基于PCR的方法，使用一套新型引物，对来自白疟原虫属、血变原虫属、副血变原虫属、多色疟原虫属和疟原虫属的七种血孢子虫寄生虫的21个核基因片段进行了测序。在加入来自25种顶复门物种的基因组数据后，未缩减的比对序列包含来自32个物种的20,580个碱基对。

基于核苷酸、密码子和氨基酸数据，采用贝叶斯推断、最大似然法和最大简约法进行了系统发育分析。所有分析均产生了高度一致的拓扑结构。我们一致支持白细胞虫属在血孢子虫目中的基部位置。与以往所有研究不同，我们发现多色疟原虫属和疟原虫属之间为姐妹群关系。在疟原虫属内，感染蜥形纲和哺乳动物的谱系被恢复为姐妹支系。这些关系在几乎所有树中均得到高度支持，揭示了一个新的血孢子虫目系统发育，且该发育关系对外群的选择和建树方法具有稳健性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。