开放多发性硬化MRI数据汇总

Name: 开放多发性硬化MRI数据汇总
Creator: open_ms_data contributors

GitHub项目整理可公开获取的MS影像和病灶分割数据入口，适合快速定位训练集、复现实验和比较不同MS MRI数据来源。

open_ms_data contributors

GitHub

2024-01-01 更新

图像分类

基本信息

模态

图像

任务类型

分类

创建/更新时间

2024-01-01

资源简介

GitHub项目整理可公开获取的MS影像和病灶分割数据入口，适合快速定位训练集、复现实验和比较不同MS MRI数据来源。

原始链接

https://github.com/muschellij2/open_ms_data

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使用方式

数据集获取

git clone https://github.com/muschellij2/open_ms_data.git

curl -L -o repo.zip https://github.com/muschellij2/open_ms_data/archive/refs/heads/master.zip
unzip repo.zip

源站 README 摘录（使用方式）

<! README.md is generated from README.Rmd. Please edit that file >

Multiple Sclerosis Lesion Data

The data in this repository is from the Laboratory of Imaging
Technologies (http://lit.fe.uni-lj.si/tools.php?lang=eng).

Cross-sectional data

The cross-sectional data is from the “3D MR image database of Multiple
Sclerosis patients with white matter lesion segmentations” section of
the website.
The database is released under the Creative-Commons Attribution (CC-BY)
license. Please cite the references below in any published work that
uses this
database.

References

The data is described in: Lesjak, Žiga, et al. “A novel public MR image
dataset of multiple sclerosis patients with lesion segmentations based
on multi-rater consensus.” Neuroinformatics (2017): 1-13.

Demographics

id	age	sex	ms_type	edss	criteria
patient01	31	F	RR	1.5	McDonald 2010
patient02	33	M	CIS	0.0	McDonald 2010
patient03	37	F	NA	NA	NA
patient04	25	M	SP	6.5	McDonald 2005
patient05	33	F	RR	3.5	McDonald 2005
patient06	37	F	SP	4.0	McDonald 2005
patient07	53	F	RR	0.5	McDonald 2010
patient08	41	M	RR	5.0	McDonald 2005
patient09	40	F	RR	2.0	McDonald 2010
patient10	64	F	RR	2.0	McDonald 2005
patient11	29	M	RR	2.0	McDonald 2010
patient12	39	F	RR	NA	McDonald 2005
patient13	26	M	RR	2.0	McDonald 2010
patient14	42	M	RR	4.0	McDonald 2005
patient15	57	F	PR	6.5	McDonald 2005
patient16	42	F	RR	4.0	McDonald 2005
patient17	27	F	RR	0.0	McDonald 2010
patient18	60	F	RR	2.0	McDonald 2005
patient19	47	F	RR	1.0	McDonald 2005
patient20	37	F	RR	NA	McDonald 2010
patient21	33	F	RR	4.5	McDonald 2005
patient22	30	F	RR	2.0	McDonald 2005
patient23	39	F	RR	5.0	McDonald 2005
patient24	43	M	RR	0.0	McDonald 2005
patient25	35	F	RR	3.5

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别