GSE199038：C19ORF84 连接 piRNA 与 DNA 甲基化机制以守护哺乳动物生殖系

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE199038

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在雄性小鼠生殖系中，与PIWI蛋白MIWI2结合的PIWI相互作用RNA（piRNAs）通过SPOCD1引导年轻活跃转座元件（TEs）的DNA甲基化。我们发现了人类SPOCD1基因中的功能丧失变异，这些变异导致男性不育和TE沉默缺陷。其中一个SPOCD1致病等位基因编码一种截短蛋白，该蛋白缺少保守的羧基末端。我们发现，这一缺失区域与C19ORF84相互作用。在小鼠胎儿生殖细胞中，C19ORF84是一种核蛋白，对于SPOCD1与DNMT3L的结合是必需的，而DNMT3L是de novo甲基化机制的重要组成部分。总之，我们发现SPOCD1在保障人类生殖系连续性方面具有保守作用，并发现了C19ORF84，这是一种功能未表征的蛋白，对于协调piRNA引导的DNA甲基化至关重要。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。