PRJNA1354214:Tampere不孕症微生物组项目(子宫内膜)

数据以原始序列读段形式提供,可用于研究子宫内膜微生物组的组成与结构,并服务于不孕症相关的微生物群落分析(来源 ncbi.nlm.nih.gov)

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1354214: Tampere Infertility Microbiome Project (endometrium)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-22

资源简介

PRJNA1354214:Tampere不孕症微生物组项目(子宫内膜)

PRJNA1354214 即 Tampere Infertility Microbiome Project(endometrium),是一个聚焦子宫内膜微生物组与不孕症关联研究的公开数据集,收录于 ncbi.nlm.nih.gov,在本站归入泌尿生殖系统疾病 / 不孕症分类。该数据集的核心内容是 16S rRNA 基因测序数据,测序在 Illumina MiSeq 平台上完成,数据以原始序列读段(Raw sequence reads)的形式提供。借助这些读段,研究者可以考察子宫内膜样本中微生物群落的组成与结构,并在此基础上开展与不孕症相关的微生物群落分析。整体而言,该数据集为探索生殖道微生态与生育健康之间的关系提供了可复用的原始测序资源,适合具备微生物组生物信息学分析能力的研究者使用。

【数据集背景】

子宫内膜微生物组是近年来生殖医学与微生物组交叉研究关注的对象之一。该数据集以“不孕症微生物组项目”命名,研究场景指向不孕症相关的子宫内膜微生态调查。数据由 NCBI 站点对外发布,属于公开可获取的序列数据资源。关于该项目的研究设计、样本量、招募标准、伦理审批及具体研究假设等背景信息,源站未提供。

【数据内容】

数据集包含 16S rRNA 基因测序数据,测序平台为 Illumina MiSeq。数据以原始序列读段形式提交,主题标签为 Raw sequence reads,即未经组装或注释的原始测序输出。此类数据通常可用于微生物群落多样性评估、群落结构比较等分析,但本数据集具体覆盖的 16S 可变区、读段长度、样本数量及文件组织方式,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集英文名称为 PRJNA1354214: Tampere Infertility Microbiome Project (endometrium),表明其研究对象为子宫内膜样本。关于样本采集地点、采集时间、采集方法、受试者来源与分组等细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其原始读段形态与 16S rRNA 基因测序内容,该数据集适用于子宫内膜微生物组组成与结构的描述性分析,以及不孕症相关微生物群落的比较研究。也可作为微生物组分析流程的输入数据,用于群落多样性、物种组成等通用分析。关于该数据是否适合特定临床终点、诊断模型或纵向随访分析,源站未提供。

【使用方法】

使用者可从 ncbi.nlm.nih.gov 获取原始序列读段,并按 16S rRNA 基因测序数据的常规流程进行处理,包括序列质控、去噪或聚类、物种注释及群落多样性分析等。由于测序平台为 Illumina MiSeq,分析时应选择与该平台读段特征相匹配的参数设置。具体的下载编号、文件格式、分析参数与推荐流程,源站未提供。

【质量与限制】

数据为原始序列读段,未经过组装或注释,分析结果依赖于使用者的质控与处理流程。关于测序深度、读段质量评分、批次效应、对照设置及数据完整性等信息,源站未提供。此外,16S rRNA 基因测序一般只能反映群落组成层面的信息,功能推断需谨慎对待;该数据集是否包含相关验证数据,源站未提供。

【引用与许可】

数据集发布站点为 ncbi.nlm.nih.gov,使用时应遵循该站点的数据使用与引用规范。关于具体许可条款、引用文献、项目负责人及致谢要求,源站未提供。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1354214

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This dataset contains 16S rRNA gene sequencing data, and sequencing was performed using Illumina MiSeq platform.

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