人丙氨酸:乙醛酸氨基转移酶的晶体结构
该数据集包含通过X射线衍射测定的人丙氨酸:乙醛酸氨基转移酶(AGT)的蛋白质晶体结构数据,涉及蛋白质三维坐标及配体等分子模态,主要用于研究AGT的酶学结构、其与原发性高草酸尿症1型基因型-表型关联,以及为相关遗传代谢疾病的药物靶点开发提供结构基础。

基本信息
资源简介
人丙氨酸:乙醛酸氨基转移酶的晶体结构
【数据集背景】
本数据集源站标题为《The crystal structure of human alanine:glyoxylate aminotransferase》。
【数据内容】
源站原始描述:AMINOTRANSFERASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE, TRANSFERASE
【数据结构与技术规格】
数据集 DOI:10.1016/S0022-2836(03)00791-5。
【主题与分类】
主题标签:TRANSFERASE。
【获取与许可】
源站页面:https://www.rcsb.org/structure/1H0C
规范引用:Crystal Structure of Alanine:Glyoxylate Aminotransferase and the Relationship between Genotype and Enzymatic Phenotype in Primary Hyperoxaluria Type 1. (2003) J.Mol.Biol
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://pdbj.org/mine/summary/1h0c
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集提供了人丙氨酸:乙醛酸氨基转移酶(AGT)的晶体结构数据,其结构通过X射线衍射方法在2.5埃分辨率下测定。数据集包含蛋白质三维坐标及配体信息,如(氨基氧基)乙酸、甘油和吡哆醛-5’'-磷酸等。数据来源于蛋白质数据库日本(PDB Japan),由Zhang等人于2003年发表,旨在阐明AGT酶的结构特征及其与原发性高草酸尿症1型(一种遗传性代谢疾病)基因型与酶表型之间的关系,主要用于结构生物学、酶学机制研究和遗传疾病相关药物靶点探索。
数据加载示例(表格/文本类)
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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