人丙氨酸:乙醛酸氨基转移酶的晶体结构

该数据集包含通过X射线衍射测定的人丙氨酸:乙醛酸氨基转移酶(AGT)的蛋白质晶体结构数据,涉及蛋白质三维坐标及配体等分子模态,主要用于研究AGT的酶学结构、其与原发性高草酸尿症1型基因型-表型关联,以及为相关遗传代谢疾病的药物靶点开发提供结构基础。

Protein Data Bank Japan
2025-04-09 更新
浏览 41
酶晶体结构原发性高草酸尿症
The crystal structure of human alanine:glyoxylate aminotransferase

基本信息

创建/更新时间
2025-04-09

资源简介

人丙氨酸:乙醛酸氨基转移酶的晶体结构

【数据集背景】

本数据集源站标题为《The crystal structure of human alanine:glyoxylate aminotransferase》。

【数据内容】

源站原始描述:AMINOTRANSFERASE, PYRIDOXAL PHOSPHATE, TRANSFERASE

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.1016/S0022-2836(03)00791-5。

【主题与分类】

主题标签:TRANSFERASE。

【获取与许可】

源站页面:https://www.rcsb.org/structure/1H0C

规范引用:Crystal Structure of Alanine:Glyoxylate Aminotransferase and the Relationship between Genotype and Enzymatic Phenotype in Primary Hyperoxaluria Type 1. (2003) J.Mol.Biol

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源站:https://pdbj.org/mine/summary/1h0c

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集提供了人丙氨酸:乙醛酸氨基转移酶(AGT)的晶体结构数据,其结构通过X射线衍射方法在2.5埃分辨率下测定。数据集包含蛋白质三维坐标及配体信息,如(氨基氧基)乙酸、甘油和吡哆醛-5’'-磷酸等。数据来源于蛋白质数据库日本(PDB Japan),由Zhang等人于2003年发表,旨在阐明AGT酶的结构特征及其与原发性高草酸尿症1型(一种遗传性代谢疾病)基因型与酶表型之间的关系,主要用于结构生物学、酶学机制研究和遗传疾病相关药物靶点探索。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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