LPS与PPT处理下牙髓干细胞成牙诱导RNA-seq转录组
该数据集为PRJNA1547899，来源于NCBI，收录人牙髓干细胞（hDPSCs）在成牙诱导条件下经LPS与PPT处理的RNA-seq转录组测序原始reads
基本信息
资源简介
LPS与PPT处理下牙髓干细胞成牙诱导RNA-seq转录组
PRJNA1547899 是一项收录于 NCBI 的 RNA-seq 转录组测序项目，聚焦人牙髓干细胞（hDPSCs）在成牙诱导条件下接受 LPS 与 PPT 处理后的基因表达谱。该项目将 hDPSCs 分为三组：对照组（OM）、LPS 诱导炎症组（LPS）以及 PPT 处理组（PPT），培养 14 天后提取各组细胞的总 RNA，构建链特异性 RNA-seq 文库，并在 Illumina NovaSeq X Plus 平台上完成高通量转录组测序，原始测序 reads 以 BioProject 形式保存。该数据集属于口腔疾病相关分类，主题标签为原始序列 reads，可为研究牙髓干细胞在炎症与处理干预下的转录响应提供原始测序数据基础。
【数据集背景】
人牙髓干细胞（hDPSCs）是牙髓组织中具有多向分化潜能的干细胞群体，在牙本质形成与牙髓修复研究中受到关注。成牙诱导是评估其向成牙/成牙本质方向分化能力的常用实验条件。该数据集围绕成牙诱导培养下的 hDPSCs 展开，设置对照组（OM）、LPS 诱导炎症组（LPS）和 PPT 处理组（PPT），以转录组测序方式记录不同处理条件下细胞的基因表达信息。项目来源为 ncbi.nlm.nih.gov，属于口腔疾病/其他分类下的转录组原始数据资源。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 hDPSCs 在三种培养条件下的 RNA-seq 原始测序 reads。具体而言，三组细胞分别为对照组（OM）、LPS 诱导炎症组（LPS）和 PPT 处理组（PPT）；培养 14 天后，从各组 hDPSCs 中提取总 RNA，并以此构建链特异性 RNA-seq 文库，随后在 Illumina NovaSeq X Plus 平台进行高通量转录组测序。原始测序 reads 已存入该 BioProject。主题标签为“Raw sequence reads”，表明数据以原始序列 reads 形式提供，而非经过定量或差异分析后的汇总结果。除上述分组、培养时长、RNA 提取、文库类型、测序平台和原始 reads 存放方式外，源站未提供更多关于数据文件数量、测序深度或读长等信息。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）的 BioProject 记录，项目编号为 PRJNA1547899。生物样本为人牙髓干细胞（hDPSCs），实验设计包含对照组（OM）、LPS 诱导炎症组（LPS）和 PPT 处理组（PPT）三组，培养周期为 14 天。总 RNA 从各组细胞样本中提取，随后构建链特异性 RNA-seq 文库，并在 Illumina NovaSeq X Plus 平台上完成高通量测序。原始测序 reads 被提交并保存在该 BioProject 中。关于样本供者信息、伦理审批、培养试剂来源等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于需要原始转录组测序 reads 的研究场景，例如分析 hDPSCs 在成牙诱导条件下对 LPS 诱导炎症及 PPT 处理的转录响应，或用于重新比对、重新定量和差异表达分析。由于提供的是原始序列 reads，使用者可根据自身分析流程进行质量控制、比对、转录本组装或表达定量。该数据也可用于口腔疾病相关研究中牙髓干细胞炎症模型与处理干预的转录组比较分析。需要说明的是，具体分析目标与结论应由使用者基于数据自行判断，源站未提供分析结果或生物学结论。
【使用方法】
使用该数据集时，可从 NCBI BioProject PRJNA1547899 获取原始测序 reads，并按照链特异性 RNA-seq 数据的常规流程进行处理：先进行测序质量评估与过滤，再比对到人类参考基因组或转录组，随后进行表达定量与组间比较。由于数据分为对照组（OM）、LPS 组和 PPT 组，分析时可围绕这三组设计比较方案。关于具体的下载链接、文件格式、参考基因组版本及分析参数，源站未提供，需使用者根据 NCBI 记录自行确认。
【质量与限制】
该数据集为原始序列 reads，未提供经过处理的表达矩阵或差异分析结果，使用者需自行完成质量控制与生物信息学分析。源站未提供测序深度、读长、重复样本数量、数据量大小等质量相关指标，也未提供样本临床背景或伦理信息。因此，在解释分析结果时应注意这些信息缺口。该数据仅反映源站描述的实验设计，即三组 hDPSCs 在培养 14 天后的转录组测序，不能外推至其他细胞类型、其他处理条件或其他时间点。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI BioProject PRJNA1547899，使用时应引用该 BioProject 编号及源站记录。关于数据许可、使用条款以及是否允许再分发等具体规定，源站未提供，使用者应遵循 NCBI 的相关数据使用政策并查阅项目页面获取最新信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1547899
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
hDPSCs分为三组：对照组（OM）、LPS诱导的炎症组（LPS）和PPT治疗组（PPT）。培养14天后，从各组的hDPSCs中提取总RNA。从这些细胞样本中提取总RNA。构建链特异性RNA-seq文库，并在Illumina NovaSeq X Plus平台上进行高通量转录组测序。原始测序读段已存入本BioProject。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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