口腔微生物组与口腔HPV分析补充数据集
口腔微生物组与口腔HPV分析补充数据集 本 wiki 页面提供口腔微生物组与口腔 HPV 分析数据集的文档。这是一个由 MOUTH 研究团队提供的公开、开放获取的处理后微生物组数据与元数据数据集
基本信息
资源简介
口腔微生物组与口腔HPV分析补充数据集
是一个公开、开放获取的处理后微生物组数据与元数据集合，由MOUTH研究团队提供。该数据集围绕口腔微生物组与口腔HPV分析这一主题，汇集了经过处理的微生物组数据以及相应的研究参与者元数据，并以配套文档的形式对外发布。数据集在来源站上以wiki页面形式提供说明文档，帮助使用者理解各数据文件的组织方式与内容含义。从分类上看，它归属于口腔疾病/其他类别。整体而言，该数据集旨在为口腔微生物组与口腔HPV相关分析提供可复用的数据基础，使用者可依据文档指引获取分类学、系统发育、功能通路预测及参与者特征等多类信息，并需遵循相应的引用与致谢要求。
【数据集背景】
该数据集的全称为Oral Microbiome and Oral HPV Analysis Supplementary Dataset，属于口腔疾病/其他类别，来源于synapse.org。根据源站描述，该数据集由MOUTH研究团队提供，是一个公开、开放获取的处理后微生物组数据与元数据集合。其wiki页面用于提供口腔微生物组与口腔HPV分析数据集的文档说明。数据集的主题聚焦于口腔微生物组与口腔HPV分析，属于补充数据集性质，配合相关研究对外发布，以便研究社区获取处理后数据与元数据。
【数据内容】
数据集包含多个数据文件。otutable.txt提供操作分类单元（OTU）水平的分类学分配（计数），其组织方式以研究参与者作为列。taxonomytable.txt提供分类学名称，其组织方式以分类等级作为列。tree.tre为系统发育树文件。keggpathway.txt提供京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路预测，其组织方式同样以研究参与者作为列。metadata.txt则包含纳入分析的研究参与者特征信息。上述文件共同构成处理后微生物组数据与元数据的集合，覆盖分类学组成、系统发育关系、功能通路预测以及参与者特征等不同层面的信息。
【采集与来源】
该数据集来源于synapse.org，由MOUTH研究团队提供，属于公开、开放获取的数据集。源站以wiki页面形式提供该数据集的文档说明。关于样本采集的具体地点、时间、方法、伦理审批信息以及参与者招募细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于口腔微生物组与口腔HPV分析相关的研究工作。其提供的OTU水平分类学计数、分类学名称、系统发育树、KEGG通路预测以及参与者特征元数据，可支持微生物组组成分析、系统发育相关分析、功能通路层面的预测分析，以及结合参与者特征开展的关联分析等。作为补充数据集，它适合作为相关研究的数据来源或分析基础，供研究者按照文档说明进行使用。关于具体分析流程、统计方法或特定研究问题的适配性，源站未提供。
【使用方法】
使用者可通过源站提供的wiki页面获取该数据集的文档说明，并据此理解各数据文件的组织方式。otutable.txt与keggpathway.txt均以研究参与者作为列进行组织，taxonomytable.txt以分类等级作为列进行组织，tree.tre为系统发育树文件，metadata.txt包含纳入分析的研究参与者特征。研究者在使用这些文件时，应参考文档说明进行数据读取与分析。关于具体的软件工具、分析步骤或参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为公开、开放获取的处理后微生物组数据与元数据集合，由MOUTH研究团队提供。源站描述中将其定位为补充数据集，并提供了配套文档。关于数据质量评估、批次效应、缺失值情况、样本量大小、覆盖范围或潜在偏倚等具体信息，源站未提供。
【引用与许可】
使用该数据集文件的研究者应引用相关出版物，其doi为10.1093/infdis/jiac010，并致谢资助项目R35DE02663。关于该数据集的具体许可条款或使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://synapse.org/Synapse:syn26529406
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
#口腔微生物组与口腔HPV分析补充数据集 本wiki页面提供口腔微生物组与口腔HPV分析数据集的文档说明。这是一个公开、开放获取的数据集，包含由MOUTH研究团队提供的经过处理的微生物组数据和元数据。 ##数据文件 1. otutable.txt：操作分类单元（OTU）水平的分类学分配（计数），以研究参与者为列进行组织 2. taxonomytable.txt：分类学名称，以分类等级为列进行组织 3. tree.tre：系统发育树 4. keggpathway.txt：京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路预测，以研究参与者为列进行组织 5. metadata.txt：纳入分析的研究参与者特征 ##致谢 使用这些文件的研究人员应引用相关出版物（doi: 10.1093/infdis/jiac010），并在致谢中鸣谢美国国家牙科和颅面研究所资助本工作的基金R35DE026631。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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