E-GEOD-61490：5例非吸烟中重度慢性牙周炎患者外周血单核细胞RNA-seq

资源简介

E-GEOD-61490：5例非吸烟中重度慢性牙周炎患者外周血单核细胞RNA-seq

E-GEOD-61490 是一个来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验数据集，物种为 Homo sapiens，聚焦于非吸烟中重度慢性牙周炎个体的外周血单核细胞转录组。该实验通过 RNA-seq 技术对 5 例非吸烟中重度慢性牙周炎个体的外周血单核细胞进行测序，旨在从转录水平刻画这一特定人群外周血单核细胞的基因表达特征。数据集在分类上归属于口颌系统疾病 / 其他，主题标签为 Differential，表明其核心用途在于差异表达分析。整体而言，该数据集为研究慢性牙周炎在外周血单核细胞层面可能伴随的转录变化提供了原始实验数据资源，适合从事口腔疾病、免疫转录组及差异表达分析的研究人员参考使用。

【数据集背景】

慢性牙周炎是一种常见的口腔慢性炎症性疾病，其影响不仅局限于牙周局部组织，还可能通过炎症介质和免疫细胞介导全身性反应。外周血单核细胞作为免疫系统的重要组成部分，在宿主炎症反应和免疫调节中扮演关键角色。该数据集来源于 EBI Expression Atlas 的差异表达实验，物种为 Homo sapiens，实验设计针对非吸烟中重度慢性牙周炎个体，试图通过 RNA-seq 技术获取外周血单核细胞的基因表达谱。选择非吸烟个体有助于减少吸烟这一重要混杂因素对基因表达的影响，从而使数据更集中地反映慢性牙周炎本身可能相关的转录特征。该数据集在分类上属于口颌系统疾病 / 其他，主题标签为 Differential，说明其设计目的和数据分析方向以差异表达为核心。

【数据内容】

该数据集的核心内容是外周血单核细胞的 RNA-seq 数据，样本来自 5 例非吸烟中重度慢性牙周炎个体。RNA-seq 是一种高通量测序技术，能够对样本中转录本的序列和丰度进行检测，从而反映基因表达水平。数据集作为 Expression Atlas 中的差异表达实验，意味着其数据组织方式支持比较不同条件下的基因表达差异。主题标签“Differential”进一步表明，该数据集的主要数据产出围绕差异表达分析展开。数据所涉及的物种为 Homo sapiens，样本类型为外周血单核细胞，疾病背景为非吸烟中重度慢性牙周炎。关于具体的测序平台、读长、比对方法、表达定量指标、差异表达分析的具体比较组和统计结果，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 ebi.ac.uk，即欧洲生物信息研究所（EBI）维护的 Expression Atlas 平台。源站描述指出，这是一个 Expression Atlas experiment (Differential)，物种为 Homo sapiens，内容为 5 例非吸烟中重度慢性牙周炎个体的外周血单核细胞 RNA-seq。数据集英文名称为 E-GEOD-61490: RNA-seq of peripheral blood monocytes in 5 non-smoking moderate to severe chronic periodontitis individuals。从来源信息可知，该数据集通过 Expression Atlas 平台对外发布，属于该平台收录的差异表达实验之一。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、受试者招募标准、临床诊断细节以及样本处理流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与慢性牙周炎相关的转录组研究，尤其是关注外周血单核细胞基因表达变化的研究方向。由于主题标签为 Differential，该数据集可用于差异表达分析相关的探索，例如比较非吸烟中重度慢性牙周炎个体外周血单核细胞与对照或其他条件下的基因表达差异。此外，该数据集也可用于免疫转录组学、口腔疾病全身性影响研究以及生物信息学方法验证等场景。研究人员可以利用该数据集寻找与慢性牙周炎相关的潜在候选基因或表达特征，或将其作为公共转录组数据资源用于方法学比较和整合分析。需要说明的是，具体适用的分析类型和比较设计应结合源站提供的实验元数据加以确认，源站未提供的信息不应作为分析依据。

【使用方法】

该数据集可通过 EBI Expression Atlas 平台访问和获取。作为 Expression Atlas 中的差异表达实验，用户通常可以在该平台上查看实验概览、样本信息、差异表达结果及相关下载选项。具体的数据下载格式、文件组织方式、分析工具接口以及是否需要注册或遵守特定访问条件，源站未提供。使用时应参考 Expression Atlas 平台提供的说明文档和实验页面，以了解数据的组织结构和分析流程。对于差异表达分析，用户可根据自身研究问题选择适当的比较组和统计方法，但具体的比较组设置和统计参数需以源站信息为准，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集样本量为 5 例非吸烟中重度慢性牙周炎个体，样本数量相对有限，可能影响差异表达分析的统计功效和结果稳健性。数据集仅涉及非吸烟中重度慢性牙周炎个体，未提供对照组或其他疾病严重程度组的信息，因此其适用范围受到一定限制。关于数据质量评估指标、测序深度、重复性、批次效应、归一化方法以及差异表达分析的显著性阈值等，源站未提供。此外，该数据集仅包含外周血单核细胞 RNA-seq 数据，不能直接反映牙周局部组织的转录状态。使用者在解释结果时应充分考虑样本量、疾病背景和细胞类型的局限性。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，属于 EBI Expression Atlas 平台收录的实验数据。关于该数据集的具体引用方式、文献出处、作者列表、发表期刊以及数据使用许可条款，源站未提供。用户在使用该数据集时，应访问 EBI Expression Atlas 平台的相关页面，查看最新的引用指南和许可信息，并遵守平台规定的数据使用政策。