单细胞形态编码衰老人类真皮成纤维细胞的功能亚型

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Af848419ab2f4ab94609ca9d13372937f54d954d98d383df8b5871da741e94b4e

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞衰老作为衰老的标志，在多个生物学尺度上呈现出情境依赖的表型。尽管其机制重要性明确，但在细胞群体中识别和表征衰老仍具挑战性。我们利用原代人真皮成纤维细胞，结合单细胞成像、机器学习、多种诱导衰老条件及多种蛋白质生物标志物，定义了功能性衰老亚型。单细胞形态学分析揭示了11个不同的形态学聚类。其中，我们鉴定出三个真正的衰老亚型（C7、C10、C11），C10在衰老队列中表现出最强的年龄依赖性。此外，我们观察到供体的衰老负荷和亚型组成可指示其对多柔比星诱导衰老的易感性。功能分析揭示了亚型依赖性的衰老治疗响应，其中C7对达沙替尼+槲皮素最为敏感。

我们的单细胞分析框架SenSCOUT……，# 单细胞形态编码衰老人类真皮成纤维细胞中衰老的功能亚型 [基于可观察独特表型的衰老亚型分类器] 本仓库包含与题为“单细胞形态编码衰老人类真皮成纤维细胞中衰老的功能亚型”的研究相关的数据和代码，可访问https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.05.17.541204v1。论文：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.05.17.541204v1 使用指南：稿件与图表文件夹包含论文及相关图表 代码文件夹包含示例工作流程 预处理描述了形态数据的对数归一化和标准缩放 衰老UMAP_KMEANS描述了二维降维和KMEANS聚类识别 生物标志物插补平台描述了使用morp的插补平台

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。