麻风结节性红斑与瘤型麻风患者皮肤活检转录组分析
数据主题标签为 Raw sequence reads，属于皮肤疾病范畴，可为研究麻风免疫反应、病变机制及潜在生物标志物提供转录组层面的原始数据支持（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
麻风结节性红斑与瘤型麻风患者皮肤活检转录组分析
PRJNA1528458 是一个围绕皮肤活检样本展开的转录组分析项目，研究对象为麻风结节性红斑与瘤型麻风患者。该项目在 NCBI 的 BioProject 数据库中登记，编号为 1528458，主题标签为“Raw sequence reads”，本站将其归入皮肤疾病 / 其他类别。从整体定位看，它属于以原始测序读段为核心的生物学项目记录，旨在为探索麻风相关皮肤病变的转录组特征提供数据基础。项目名称明确指向两类麻风相关病症的皮肤活检转录组分析，因此其数据内容与麻风免疫反应、病变机制以及潜在生物标志物研究存在直接关联。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量限制和引用许可等方面进行介绍。
【数据集背景】
麻风是一种由麻风分枝杆菌引起的慢性传染病，可累及皮肤和周围神经。麻风结节性红斑是麻风病程中可能出现的一种免疫介导的炎症性并发症，而瘤型麻风则属于麻风的一种临床类型。围绕这两类患者的皮肤活检开展转录组分析，有助于从基因表达层面观察病变组织的分子状态。该项目以 BioProject 形式组织，属于单一研究计划下的生物学数据集合，其登记信息来自 NCBI 的 BioProject 数据库。源站对 BioProject 的通用说明指出，BioProject 记录为用户提供一个集中入口，用于查找同一项目所产生的多种数据类型。该项目的主题标签为“Raw sequence reads”，说明其核心数据形态是原始测序读段。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段。项目英文名称表明其内容为来自麻风结节性红斑和瘤型麻风患者皮肤活检样本的转录组分析数据。就数据组织而言，BioProject 记录本身并不等同于所有原始数据文件，而是作为项目入口，链接到该项目产生的各类数据。源站描述提到，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的不同数据类型。因此，该数据集的核心内容可理解为与皮肤活检转录组测序相关的原始读段及其项目级索引信息。关于样本数量、测序平台、读长、数据量、具体分析结果等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该项目的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，登记在 NCBI 的 BioProject 数据库中，项目编号为 1528458。源站标题为“ID 1528458 - BioProject - NCBI”。项目英文名称显示其研究对象为麻风结节性红斑与瘤型麻风患者的皮肤活检样本，数据主题标签为“Raw sequence reads”。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、受试者纳入排除标准、具体活检部位与操作流程等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可为麻风相关皮肤病变的转录组研究提供原始数据支持。具体而言，适用于探索麻风免疫反应、病变机制以及潜在生物标志物等方向。由于主题标签为原始序列读段，使用方通常需要在获得数据后自行进行质量控制、比对、表达定量和差异分析等处理。该数据也可用于与其他麻风或皮肤疾病转录组数据进行比较研究，或用于方法学层面的测序数据处理流程验证。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或特定人群的转化研究，源站未提供明确说明。
【使用方法】
使用该数据集时，可先通过 NCBI BioProject 数据库中的项目编号 1528458 定位项目记录，再依据记录中的链接查找该项目生成的不同数据类型。由于主题标签为“Raw sequence reads”，使用方应预期获取的是原始测序读段，而非已经过完整统计分析的表达矩阵或差异基因列表。后续分析通常包括读段质量控制、去除低质量序列、比对到参考基因组或转录组、表达量估计以及下游的差异表达与功能富集分析等。关于该项目是否附带标准分析流程、推荐参数、参考基因组版本或配套代码，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集以 BioProject 记录形式存在，其主题标签为“Raw sequence reads”，说明数据处于原始读段层面，使用前需要自行完成质量控制与生物信息学处理。源站描述仅对 BioProject 的性质作出通用说明，未提供该项目的样本量、测序深度、覆盖度、批次信息、技术重复情况或数据完整性评估。关于数据是否存在污染、低质量样本、临床信息缺失或伦理限制，源站未提供。因此，使用方在开展分析前应自行评估数据质量，并注意原始读段本身不能直接等同于经过验证的生物学结论。
【引用与许可】
该项目的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，登记于 NCBI BioProject 数据库，项目编号为 1528458。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、是否允许再分发或商业使用等，源站未提供。使用方在引用或使用该数据时，应查阅 NCBI BioProject 记录及相关数据页面中可能列出的引用要求与使用条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1528458
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
麻风结节性红斑（ENL）是瘤型麻风（LL）患者中发生的一种多菌型麻风的急性炎症性并发症，是该病相关神经损伤和残疾的主要原因之一。本研究对ENL患者（n=12）和LL患者（n=4）的皮肤活检标本进行了全转录组RNA测序，以表征与反应状态相关的宿主转录变化。通过比较转录组分析，鉴定了ENL与LL之间的差异表达基因和失调的分子通路。该数据集为研究ENL的分子基础提供了宝贵的资源，并支持未来旨在理解宿主免疫反应以及发现麻风反应生物标志物和治疗靶点的研究。总体设计：在获得机构伦理批准后，共招募了2020年至2022年间在某三级甲等医院皮肤科就诊的16例患者（ENL，n=12；LL，n=4）。
临床诊断通过苏木精-伊红（H&E）染色切片的组织病理学检查和抗酸杆菌（AFB）染色予以确认，病例按Ridley-Jopling分类法进行分型。从每份活检样本中独立提取总RNA，用于文库构建和高通量RNA测序。双RNA测序在Illumina NovaSeq 6000平台上进行。样本测序深度为每样本6000万条reads。过滤后的reads首先比对到人类参考基因组（GRCh38）。对于病原体转录组分析，双端reads比对到麻风分枝杆菌参考基因组（M. leprae TN株，基因组组装：ASM19585v1）。原始基因计数数据使用R中的DESeq2软件包（版本1.48.1）进行分析。比较ENL和LL样本之间的基因表达谱，以鉴定差异表达基因和失调
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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