基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1378986：生命第一年的人类肠道宏基因组

PRJNA1378986 是一个聚焦生命早期肠道微生物组的人类肠道宏基因组数据集，全称为 Human gut metagenome during the first year of life。该数据集源自 VITALITY Project，通过对婴儿出生后第一年内多个时间点采集的粪便样本进行 shotgun 宏基因组测序，记录肠道微生物组的纵向发育过程。其数据可用于探索与婴儿特应性疾病相关的微生物特征，涵盖特应性皮炎、食物致敏和食物过敏等方向。数据集以原始测序读段（Raw sequence reads）的形式提供，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，在本站被归类于皮肤疾病 / 其他类别，适合关注婴幼儿肠道菌群、免疫发育及过敏性疾病的研究者参考使用。

【数据集背景】

肠道微生物组在消化、生命早期免疫发育以及关键代谢产物生成中发挥核心作用，这些过程共同影响婴儿健康。VITALITY Project 围绕这一主题，在婴儿出生后的第一年内开展纵向粪便样本采集，以捕捉肠道微生物组的发育轨迹。该数据集正是这一项目产出的 shotgun 宏基因组测序数据，其分析目标在于识别与婴儿特应性疾病相关的微生物特征，包括特应性皮炎、食物致敏和食物过敏。因此，该数据集处于微生物组学、儿科免疫学与过敏性疾病研究的交叉领域，为理解生命早期肠道菌群如何与宿主免疫系统相互作用提供了数据基础。

【数据内容】

该数据集包含 shotgun 宏基因组测序数据，主题标签为 Raw sequence reads，即原始序列读段。这些读段来自婴儿出生后第一年内纵向采集的粪便样本，能够支持对肠道微生物群落组成和功能潜力的分析。源站描述指出，该数据支持旨在识别与婴儿特应性疾病相关微生物特征的分析，涉及特应性皮炎、食物致敏和食物过敏。数据本身以原始测序读段形式呈现，未在源站描述中说明是否包含组装序列、注释结果或衍生表格。除上述内容外，源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、数据量等具体技术参数。

【采集与来源】

样本采集来自 VITALITY Project 框架下的婴儿粪便样本，采集方式为纵向采集，覆盖出生后第一年。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为 PRJNA1378986: Human gut metagenome during the first year of life。本站分类将其归入皮肤疾病 / 其他类别。关于采集地点、受试者招募标准、伦理审批信息、样本处理流程等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于生命早期肠道微生物组发育研究，尤其是与婴儿特应性疾病相关的微生物特征探索。具体而言，可用于分析肠道微生物组在出生后第一年内的纵向变化，识别可能与特应性皮炎、食物致敏和食物过敏相关的微生物类群或功能。由于数据为 shotgun 宏基因组测序读段，也可用于微生物群落组成分析、功能基因或代谢通路潜力推断等常规宏基因组分析场景。此外，该数据可为儿科过敏性疾病、免疫发育以及早期微生物组干预研究提供参考数据。除源站描述所提及的分析目标外，源站未提供其他具体适用场景。

【使用方法】

该数据集以原始序列读段形式提供，使用者通常需要按照宏基因组分析流程进行质量控制、去除宿主序列、 taxonomic 分类和功能注释等处理。由于数据来自纵向采集的婴儿粪便样本，分析时可将时间点作为变量，考察肠道微生物组随婴儿年龄的变化。对于特应性疾病相关分析，可将微生物特征与特应性皮炎、食物致敏和食物过敏等表型进行关联。关于具体的下载方式、文件格式、分析工具推荐或流程参数，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为原始测序读段，未在源站描述中说明是否经过质量控制或去宿主处理。其纵向设计覆盖出生后第一年，但源站未提供样本量、时间点数量、测序深度、读长等具体信息，因此无法评估数据在统计功效或技术质量方面的具体表现。此外，源站未提供关于受试者人群特征、混杂因素控制或批次效应的信息。使用者在解释与特应性疾病相关的微生物特征时，应结合自身分析流程和外部信息进行判断。除源站描述外，源站未提供其他质量与限制说明。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为 PRJNA1378986: Human gut metagenome during the first year of life。关于引用方式、许可协议、使用限制或数据访问权限，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1378986

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1378986

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肠道微生物组在消化、早期免疫发育以及影响婴儿健康的关键代谢物产生中发挥着核心作用。作为VITALITY项目的一部分，纵向收集了婴儿出生后第一年的粪便样本，以捕捉肠道微生物组的发育情况。该数据集包含鸟枪法宏基因组测序数据，支持旨在识别与婴儿特应性疾病（包括特应性皮炎、食物致敏和食物过敏）相关的微生物特征的分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别