PRJNA1284674：空间转录组揭示寻常痤疮脂质代谢功能障碍与毛皮脂腺分化异常
寻常痤疮是一种常见的皮肤疾病，涉及分泌脂质的皮脂腺、角质形成细胞、免疫细胞和微生物群之间复杂的相互作用。虽然维A酸类药物治疗痤疮有效，但疾病发病机制仍知之甚少
基本信息
资源简介
PRJNA1284674：空间转录组揭示寻常痤疮脂质代谢功能障碍与毛皮脂腺分化异常
PRJNA1284674 是一个围绕寻常痤疮（acne vulgaris）展开的空间转录组学研究数据集。寻常痤疮是一种常见的皮肤疾病，其发生涉及分泌脂质的皮脂腺、角质形成细胞、免疫细胞以及微生物群之间复杂的相互作用。尽管维A酸类药物在治疗痤疮方面已被证实有效，但该病的发病机制至今仍未被充分理解。尤其不清楚的是，包括炎症性（脓疱性）和非炎症性（粉刺性）病变在内的不同痤疮亚型，在基因表达、信号传导以及皮脂腺参与程度上究竟存在怎样的差异。该数据集通过空间转录组学手段，对健康皮肤、非病变皮肤、粉刺性痤疮皮肤和脓疱性痤疮皮肤进行比较分析，旨在从空间层面揭示痤疮病变中皮脂腺分化、脂质代谢与维A酸信号通路的变化，为理解痤疮的分子病理提供新的视角。
【数据集背景】
寻常痤疮是一种常见的皮肤疾病，涉及分泌脂质的皮脂腺、角质形成细胞、免疫细胞和微生物群之间复杂的相互作用。虽然维A酸类药物治疗痤疮有效，但疾病发病机制仍知之甚少。特别是，不同亚型的痤疮，包括炎症性（脓疱性）病变和非炎症性（粉刺性）病变，在基因表达、信号传导和皮脂腺参与方面如何变化，此前仍不清楚。该数据集正是针对这一空白，利用空间转录组学技术对健康、非病变、粉刺性和脓疱性痤疮皮肤进行对比研究，以揭示不同病变类型在空间分子层面的差异。
【数据内容】
该数据集的核心内容是针对皮脂腺分化、脂质代谢和维A酸信号通路设计的定制面板（custom panel）所获得的空间转录组学数据。研究对健康皮肤、非病变皮肤、粉刺性痤疮皮肤和脓疱性痤疮皮肤四类样本进行了空间转录组检测。此外，研究还设计了一套专门的分割流程（segmentation pipeline），用于改善在空间结构复杂的皮脂腺中进行转录本分配的效果。分析结果识别出皮脂腺细胞中一种 PPARG+ 的过渡性基底细胞状态。源站描述在此处中断，后续内容未完整提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。数据集英文名称为“PRJNA1284674: Spatial transcriptomics reveals dysfunctional lipid metabolism and abnormal pilosebaceous differentiation in acne vulgaris”。在本站分类中，该数据集归属于皮肤疾病 / 其他类别。其余关于样本采集地点、采集时间、伦理审批等具体信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究寻常痤疮发病机制的相关工作，尤其是关注皮脂腺分化、脂质代谢和维A酸信号通路的研究。由于数据覆盖健康皮肤、非病变皮肤、粉刺性病变和脓疱性病变四类样本，可用于比较不同痤疮亚型在基因表达、信号传导和皮脂腺参与程度上的空间差异。同时，该数据集也可用于方法学参考，例如空间转录组学中针对复杂结构（如皮脂腺）的转录本分割与分配策略。此外，对 PPARG+ 过渡性基底细胞状态等特定细胞群体的空间定位分析，也可能为相关领域提供数据支持。其他具体应用方向源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具要求等均未在已有信息中说明。
【质量与限制】
源站未提供关于该数据集质量评估、数据完整性、批次效应、覆盖深度、样本量等方面的具体信息。源站描述在提及“Our analyses identified a PPARG+ transitional basal cell state in sebocytes and revealed that c”处中断，后续结论未完整呈现，因此无法对数据集的分析结论和潜在限制做出完整判断。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或相关授权信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1284674
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
寻常痤疮是一种常见的皮肤疾病，涉及分泌脂质的皮脂腺、角质形成细胞、免疫细胞和微生物群之间复杂的相互作用。尽管维A酸类药物对治疗痤疮有效，但对其发病机制仍知之甚少。尤其是，不同亚型的痤疮——包括炎症性（脓疱性）和非炎症性（粉刺性）皮损——在基因表达、信号传导和皮脂腺受累方面有何差异，目前仍不清楚。在此，我们使用针对皮脂腺分化、脂质代谢和维A酸信号通路的定制panel，对健康皮肤、非皮损皮肤、粉刺性痤疮皮肤和脓疱性痤疮皮肤进行了空间转录组学分析。我们还设计了一套专门的分割流程，以改善空间结构复杂的皮脂腺中的转录本分配。我们的分析在皮脂腺细胞中鉴定出一种PPARG+过渡性基底细胞状态，并揭示粉刺性皮肤上调皮脂生成基因，而脓疱性皮肤下调皮脂生成。两种皮损类型均表现出AP-1转录因子增加以及FABP5升高，后者是一种可减弱维A酸受体信号的伴侣蛋白。
最后，我们证明了一种AP-1抑制剂T-5224能显著下调人角质形成细胞中的FABP5，并减少高脂饮食诱导的毛囊炎小鼠模型中的脓疱形成。总之，这些发现表明，脂质生成、维A酸信号传导及角质形成细胞分化的改变是痤疮的关键特征，并提名AP-1和FABP5作为潜在的新治疗靶点。总体设计：痤疮捐赠者和健康对照由密歇根大学皮肤病学临床研究项目(PCRiD)招募。若受试者正在接受痤疮治疗或激素调节疗法，则被排除。我们采集了正常皮肤、粉刺或脓疱的4毫米打孔活检。脓疱为伴有红斑或化脓的毛囊中心性丘疹，而粉刺则为非炎症性、光滑的丘疹，伴有毛囊堵塞。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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