E-MTAB-7773:基于AmpliSeq Ion Torrent转录组分析探索长链非编码RNA TGFB2-AS1对人角质形成细胞基因表达的影响

该数据集来自 EBI Expression Atlas,为差异表达实验,采用 AmpliSeq Ion Torrent 技术对人角质形成细胞进行转录组分析,旨在探索长非编码 RNA TGFB2-AS1 对基因表达的影响

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基因组回归Differential
E-MTAB-7773: Transcriptomic analysis by AmpliSeq Ion Torrent to explore the effects of the long non-coding RNA TGFB2-AS1 on gene expression in human keratinocytes

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

E-MTAB-7773:基于AmpliSeq Ion Torrent转录组分析探索长链非编码RNA TGFB2-AS1对人角质形成细胞基因表达的影响

E-MTAB-7773 是收录于 EBI Expression Atlas 的一项差异表达实验数据集,物种为人(Homo sapiens)。该数据集采用 AmpliSeq Ion Torrent 技术对人角质形成细胞进行转录组分析,目的在于探索长非编码 RNA TGFB2-AS1 对基因表达的影响。在本站分类中,它归属于皮肤与结缔组织疾病 / 其他类别,主题标签为 Differential。整体而言,该数据集提供了一个以人角质形成细胞为研究对象、围绕特定长非编码 RNA 调控作用展开的基因表达差异分析资源,可供关注皮肤相关分子机制的研究者参考使用。

【数据集背景】

该数据集聚焦于长非编码 RNA TGFB2-AS1 在人角质形成细胞中的作用。长非编码 RNA 是一类不编码蛋白质的转录本,常通过调控下游基因表达参与细胞过程;角质形成细胞是表皮的主要细胞类型,其基因表达状态与皮肤生理及病理过程密切相关。该实验以转录组分析为手段,考察 TGFB2-AS1 对基因表达的影响,属于差异表达研究范畴。数据集来源于 EBI Expression Atlas,该平台汇集多物种的表达实验信息,本实验在其中的主题归类为 Differential。

【数据内容】

源站将该实验描述为 Expression Atlas experiment (Differential),物种为 Homo sapiens,实验内容为通过 AmpliSeq Ion Torrent 开展转录组分析,以探索长非编码 RNA TGFB2-AS1 对人角质形成细胞基因表达的影响。数据集英文名称为 E-MTAB-7773: Transcriptomic analysis by AmpliSeq Ion Torrent to explore the effects of the long non-coding RNA TGFB2-AS1 on gene expression in human keratinocytes。关于样本数量、分组设计、检测基因数目、差异表达基因列表及具体统计结果等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ebi.ac.uk,属于 EBI Expression Atlas 中的一项实验记录。实验所采用的技术路线为 AmpliSeq Ion Torrent,研究对象为人角质形成细胞的转录组。关于样本采集的具体部位、供体信息、细胞培养条件、文库构建细节、测序读长与深度等实验流程信息,源站未提供。

【适用场景】

基于现有描述,该数据集适用于考察长非编码 RNA TGFB2-AS1 调控下人角质形成细胞基因表达变化的差异表达分析场景,可用于皮肤与结缔组织疾病相关研究方向中对该调控关系的进一步探索与比较参考。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 EBI Expression Atlas 实验记录的形式提供,可通过来源站访问。关于数据下载格式、差异分析结果的组织方式、可视化入口及具体分析操作步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 Expression Atlas 收录的差异表达实验,主题标签为 Differential。关于数据质量评估指标、批次效应处理、重复数、统计显著性阈值及使用时的注意事项,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-7773

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

表达图谱实验(差异分析)。物种:智人。通过AmpliSeq Ion Torrent进行转录组分析,以探究长链非编码RNA TGFB2-AS1对人角质形成细胞基因表达的影响

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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