TREX1缺陷中DNA损伤代谢受损促进自身免疫
该数据集包含基于转录组分析的基因表达数据，涉及系统性红斑狼疮和AGS患者的超过9000个转录本，以及TREX1缺陷细胞在氧化应激下的转录谱，主要模态为基因表达文本数据，用于研究DNA损伤代谢异常如何通过激活先天免疫通路促进自身免疫疾病，特别是TREX1缺陷相关的发病机制。
基本信息
资源简介
TREX1缺陷中DNA损伤代谢受损促进自身免疫
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Impaired DNA damage metabolism promotes autoimmunity in TREX1 deficiencyÂ》。源站首次发布：2022-02-20。
【数据内容】
源站原始描述：Constitutive low level DNA damage is linked to innate immune activation. Hierarchical clustering of over 9000 transcripts revealed remarkably similar profiles in a patient with lupus erythematosus and a patient with AGS with up-regulation of genes involved in DNA damage signaling, p53-inducible genes, senescence-associated genes as well as up-regulation of interferon-stimulated genes. Transcriptional profiling of fibroblasts exposed to oxidative stress showed a marked up-regulation of genes invo…
【主题与分类】
主题标签：人、皮肤、转录组。
【获取与许可】
源站页面：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=8e8d65c1b2e55e427c2d5af94cc1e846
使用许可：openSource。
规范引用：PMID: 27230542
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源站：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=8e8d65c1b2e55e427c2d5af94cc1e846
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集聚焦于TREX1缺陷导致的DNA损伤代谢异常与自身免疫疾病之间的关联。数据包含对系统性红斑狼疮患者和AGS患者转录组（超过9000个转录本）的分析结果，显示DNA损伤信号通路、p53诱导基因、衰老相关基因以及干扰素刺激基因的上调。此外，通过比较TREX1缺陷细胞与野生型细胞在氧化应激下的转录谱，揭示了DNA复制/修复和复制许可相关基因的显著上调，表明存在大量复制应激。数据来源于干细胞与再生医学数据中心，主要应用于自身免疫疾病机制研究、DNA损伤响应与免疫激活的交叉领域探索。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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