全血转录谱与结核性脑膜炎发病机制

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Ae997045f7a993cebe60bf5cb15d837d41fa0d3eb959966b06a9c3a7c3a2ebff7

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

结核性脑膜炎（TBM）的死亡率和发病率较为常见，且与结核分枝杆菌感染所触发的炎症反应密切相关，然而这种关联背后的机制尚不明确。为探究这一问题，我们旨在识别与TBM发病机制和死亡率相关的基因模块、枢纽基因及通路，并确定最佳的死亡预测因子。利用全血RNA测序，我们分析了281名越南成年TBM患者（207名HIV阴性；74名HIV阳性）、295名肺结核（PTB）患者以及30名健康对照者的转录谱。通过加权基因共表达网络和通路分析，我们识别了与TBM严重程度和死亡率相关的模块、枢纽基因及通路，并通过共识分析确定了HIV阳性和HIV阴性个体之间的一致模式。采用多因素弹性网Cox回归，我们筛选了TBM死亡率的候选预测因子，随后使用……评估模型预测性能。全血样本在入组时从参与者处采集，并储存于-80°C的PAXgene采集管中。

RNA样本使用PAXgene血液RNA试剂盒（Qiagen，Valencia，CA，USA）按照制造商说明进行分离，但在RNA洗脱前增加了一个额外的洗涤步骤。DNA在柱上使用无RNase的DNase套装（Qiagen，Valencia，CA，USA）进行消化。RNA提取的质量控制使用Epoch spec进行定量和质量评估，并使用Tapestation真核RNA ScreenTape进行完整性检测。RNA-seq由Ramaciotti基因组学中心（澳大利亚悉尼）完成。每个样本使用1微克总RNA作为起始材料，使用TruSeq链特异性总RNA Ribo-zero Globin试剂盒（Illumina）。文库在Sciclone G3 NGS（Perkin Elmer，Utah，USA）上生成，cDNA使用11个PCR循环扩增。文库按每池75个样本进行混合，并使用NovaSeq 6000 S4试剂以2x100bp进行测序以生成

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。