Vizgen MERFISH 文件：单细胞分析揭示结核分枝杆菌 ESX-1 介导感染小鼠肺部抗炎巨噬细胞积聚

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Acfa3477ce56526bcdd1f69f60ed5bcf9f1a7fdabe8e69501623253062f0fe7ee

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数据说明

结核分枝杆菌（MTB）的ESX-1是一种VII型分泌系统，是促使MTB在肺单核吞噬细胞（MNP）内存活的关键毒力决定因素，但其对MNP募集和分化的影响仍不清楚。本研究利用多种单细胞RNA测序技术，在小鼠及小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDM）中研究了ESX-1在MNP异质性和应答中的作用。我们发现，ESX-1是MTB募集具有高MTB载量的多种MNP亚群所必需的。此外，MTB以ESX-1依赖的方式在MNP和BMDM中诱导抗炎转录特征。空间转录组学揭示，在MTB病灶内抗炎信号上调，单核细胞来源的巨噬细胞集中分布于MTB感染细胞附近。总之，我们的研究结果表明，MTB ESX-1促进抗炎性MNP的募集和分化，MTB可感染并操纵这些细胞以利于自身存活。

重要的是，我们提供了……空间转录组学。肺组织经右心室用10 mL PBS/2 mM EDTA灌洗，随后通过气管注入1 mL与PBS按1：1混合的最佳切割温度包埋剂（OCT）使其膨胀。以约75 CFU/只的剂量气溶胶感染H37Rv-zsGreen的C57BL/6小鼠，感染28天后处死。肺组织包埋于OCT中，速冻并保存于-80°C以备后续冷冻切片。为确认质量，从每个组织块中提取RNA（QIAGEN RNeasy Mini Kit，货号74104），并在Agilent Tapestation系统上分析其数量，获得RNA完整性值（RIN）126。随后将OCT包埋的组织块在-20°C下冷冻切片至10 μm厚度，并贴装于MERSCOPE载玻片（Vizgen，PN 20400001）上。贴装的组织立即用4% PFA在37°C下固定30分钟，用PBS洗涤3次，并保存于4°C的70%乙醇中不超过1个月，之后按照制造商方案（MERSCOPE）并如先前所述83进行操作，其中

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。