基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

乌干达未治疗HIV感染成人肺结核患者鼻腔与血液宿主基因表达数据集

该数据集聚焦于乌干达地区新诊断HIV感染且疑似肺结核的未接受抗逆转录病毒治疗（ART）成人，旨在探索鼻腔基因表达在肺结核病诊断中的潜在价值。研究连续纳入40名成人，其中20例为活动性结核病患者，20例无结核病，采集鼻腔细胞与血液样本进行RNA测序。通过比较两组间的鼻腔差异表达基因（DEGs）及生物学通路，并评估鼻腔基因特征对结核病的分类性能，同时以配对血液样本作为次要对比，检验现有血液特征在鼻腔数据中的诊断表现。整体目标在于判断鼻腔样本能否成为结核病诊断生物标志物的来源。该数据集属于呼吸系统疾病/肺结核领域，主题标签为原始序列读段，来源站为ncbi.nlm.nih.gov。

【数据集背景】

结核病与HIV合并感染是全球重要的公共卫生问题，尤其在资源有限地区，快速、准确的诊断手段仍面临挑战。本研究在乌干达开展，针对新诊断HIV感染且疑似肺结核的成人，这些受试者均未接受ART治疗。研究试图回答的核心问题是：与无结核的HIV阳性成人相比，合并活动性肺结核的HIV阳性成人在鼻腔基因表达上是否存在差异。通过纳入连续病例，研究设计兼顾了临床真实性与可比性，为探索非侵入性或微创采样途径（如鼻腔细胞）作为结核病诊断工具提供了基础数据。

【数据内容】

该数据集包含从40名受试者采集的鼻腔细胞和血液样本的RNA测序数据。受试者分为两组：20例活动性结核病患者和20例无结核病的对照。数据内容涉及鼻腔差异表达基因（DEGs）的识别、生物学通路的比较，以及鼻腔基因特征在区分结核病例与对照中的分类性能评估。此外，研究还以配对血液样本为次要对象，比较鼻腔来源的DEGs、通路和特征与血液样本的异同，并评估现有血液基因特征在鼻腔数据集中的诊断表现。主题标签为“Raw sequence reads”，表明数据以原始序列读段形式提供。

【采集与来源】

样本采集于乌干达，受试者为连续入组的新诊断HIV感染且疑似肺结核的成人，所有受试者均未接受ART治疗。采集的样本类型包括鼻腔细胞和血液，用于RNA测序。数据来源站为ncbi.nlm.nih.gov。源站描述未提供具体的采集时间、地点机构、测序平台或样本处理细节。

【适用场景】

该数据集适用于探索结核病与HIV合并感染条件下的宿主基因表达特征，尤其是鼻腔样本作为诊断生物标志物来源的可行性研究。潜在应用包括：比较鼻腔与血液在结核病诊断中的基因表达差异；评估鼻腔基因特征对活动性结核病的分类能力；验证现有血液基因特征在鼻腔样本中的适用性；以及为开发基于鼻腔采样的结核病诊断工具提供数据支持。由于涉及HIV阳性且未接受ART的成人，该数据集也适用于研究HIV感染背景下结核病的宿主免疫反应。

【使用方法】

源站未提供具体的数据使用说明或分析流程。通常，原始序列读段数据可用于差异表达分析、通路富集分析、基因特征构建与分类性能评估等。用户需自行参考标准RNA测序数据分析流程，并注意样本分组信息（20例结核病与20例对照）以及配对鼻腔与血液样本的设计。源站未提供数据下载链接、格式说明或预处理步骤。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、测序深度、覆盖度或批次效应的具体信息。已知限制包括样本量较小（共40例），且研究人群特定为乌干达新诊断HIV感染且未接受ART的成人，结果外推至其他人群或已接受ART者需谨慎。此外，源站描述在末尾处中断，未完整说明全球重要性的具体理由。源站未提供其他质量评估或限制说明。

【引用与许可】

源站未提供引用格式、许可条款或数据使用协议。用户需访问ncbi.nlm.nih.gov获取相关引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1379661

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1379661

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨了未接受抗逆转录病毒治疗（ART）的HIV阳性成人中，合并肺结核病者与无结核的HIV阳性成人相比，鼻腔基因表达是否存在差异。在乌干达连续入组了40名新诊断HIV且疑似肺结核的成人：20名患有活动性结核病，20名无结核病。采集鼻腔细胞和血液样本进行RNA测序。该研究识别了结核病例与对照组之间鼻腔差异表达基因（DEGs）和生物学通路，并评估了鼻腔基因特征在结核分类中的性能。作为次要目标，该研究将鼻腔来源的DEGs、通路和特征与配对的血液样本进行了比较，并评估了现有血液特征在鼻腔数据集中的诊断性能。总体目标是探究鼻腔样本能否成为结核病诊断生物标志物的来源。鉴于结核病是HIV感染者死亡的主要原因，部分原因在于诊断困难，这一问题具有全球重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别