人记忆CD4+ T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞及更广泛的病原特异性反应

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.vmcvdnd53

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 1.16 GB。

数据说明

CD4+ T细胞介导的结核病（TB）控制需要识别感染了结核分枝杆菌（Mtb）的巨噬细胞。然而，并非所有Mtb特异性T细胞都能识别受感染的巨噬细胞。利用来自潜伏性结核分枝杆菌（Mtb）感染（LTBI）个体的感染单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞，我们分离并量化了响应感染巨噬细胞而被激活的CD4+ T细胞。我们采用T细胞抗原受体（TCR）测序技术，确定了与识别感染巨噬细胞相关的全部及独特的Mtb特异性TCR克隆型，并发现其中一部分需要外源性抗原暴露，提示识别不完全。还鉴定出了针对多种Mtb抗原及其他病原体的克隆型。我们利用来自每位参与者10x10^6 PBMCs中分离的总CD4+ T细胞的bulk TCRb深度测序，以确定相关TCR克隆型的自然循环频率。我们采用单细胞RNA测序（scRNAseq）来检查CD4+ T细胞对感染巨噬细胞作出反应的效应功能。

Mtb特异性克隆型表达以IFNg、TNF、IL-2和GM-CSF或趋化因子产生及信号传导为主的标志性效应功能。我们提出，能够诱导针对T7SS底物特异性T细胞、识别感染巨噬细胞并表达典型效应功能的结核病疫苗，将提供针对结核病的保护。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。