肺结核肉芽肿中结核分枝杆菌肽特异性T细胞转录谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE308949

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

结核分枝杆菌肽特异性T细胞在肉芽肿中的功能尚未被完全了解。在此，我们通过对经Mtb肽库刺激的肉芽肿细胞进行单细胞RNA测序，分析了恒河猴和人Mtb特异性T细胞的图谱。Mtb特异性T细胞表达促炎细胞因子、趋化因子、TNF超家族分子、SLAM家族分子、信号素、生长因子、蛋白酶和胶原蛋白。Mtb特异性T细胞对肽的识别还可驱动旁邻T细胞和非典型CD8 T细胞中FLT3LG、LTA和XCL1的表达。肉芽肿T细胞表达编码多种细胞毒性分子的转录本，而肽特异性T细胞主要表达颗粒酶B。在一例因结核毁损肺而接受全肺切除术患者的肉芽肿中，我们鉴定出一群与经肽刺激的恒河猴T细胞相似的肽特异性T细胞。因此，Mtb肽特异性T细胞可能通过多种功能的综合效应以及通过邻近T细胞诱导旁邻反应来介导针对Mtb感染的保护作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。