Caki-1透明细胞肾细胞癌VGLL4过表达与野生型对照的RNA-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE348814

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Vestigial样家族成员4（VGLL4）被认为在多种癌症中具有抑瘤作用，但其在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的下游转录组效应仍未完全明确。在本研究中，我们采用mRNA测序（RNA-seq）对人ccRCC细胞系Caki-1中VGLL4过表达所诱导的转录变化进行了分析。对VGLL4过表达细胞和野生型对照进行分析，每组设三个独立生物学重复（每组n = 3；总计n = 6）。在Illumina NovaSeq X Plus平台上进行双端测序（2 × 150 bp）。使用DESeq2进行差异表达分析，并采用Benjamini–Hochberg FDR校正；将|log2FoldChange| > 1且FDR校正q值 < 0.05的基因视为差异表达基因。处理后数据文件包括基因水平读取计数和FPKM表达矩阵，以及差异表达结果。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。