基本信息

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分类

创建/更新时间

2026-10-17

资源简介

硝基呋喃基哌嗪抗脓肿分枝杆菌作用机制研究数据集

GSE287881 数据集来自 NCBI GEO，围绕硝基呋喃基哌嗪类小分子抑制脓肿分枝杆菌生长的功能与作用机制展开研究，并对该类小分子在结核分枝杆菌与脓肿分枝杆菌中的作用机制进行比较分析。数据集以高通量测序表达谱为主要数据类型，包含 1 个数据文件，适合关注抗分枝杆菌小分子作用机制、结核分枝杆菌与脓肿分枝杆菌机制差异的研究者参考使用。

【数据集背景】

脓肿分枝杆菌是一种与呼吸系统感染相关的分枝杆菌，针对其生长抑制的小分子机制研究具有明确的生物学意义。该数据集的研究主题为“Defining the mechanisms-of-action of nitrofuranyl piperazines against Mycobacterium abscessus”，即界定硝基呋喃基哌嗪类化合物对抗脓肿分枝杆菌的作用机制。源站描述进一步说明，研究旨在界定小分子抑制脓肿分枝杆菌生长的功能，并开展比较研究，考察其在结核分枝杆菌与脓肿分枝杆菌中作用机制的差异。本站将该数据集归类于呼吸系统疾病 / 肺结核方向，与其涉及的结核分枝杆菌比较研究内容相呼应。

【数据内容】

该数据集的核心内容为表达谱数据，主题标签显示其数据类型为“Expression profiling by high throughput sequencing”，即基于高通量测序的表达谱分析。数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE287881_series_matrix.txt.gz，属于 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。该文件通常用于承载样本层面的表达谱矩阵信息，便于研究者按样本和特征进行读取与分析。数据集作者为 Ifeanyichukwu，Eke，发布时间为 Jan 23 202，主题标签中还包含 GPL34761 与 83331 等平台与系列相关标识。除上述信息外，源站未提供更细化的样本数量、分组设计或具体基因层面的内容说明。

【采集与来源】

数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI GEO 数据库收录的数据条目。其标题与源站描述均指向同一研究主题，即硝基呋喃基哌嗪类小分子对脓肿分枝杆菌生长抑制的功能界定，以及在结核分枝杆菌与脓肿分枝杆菌之间的作用机制比较。数据集通过高通量测序方式获取表达谱信息，并以系列矩阵文件的形式对外提供。关于样本采集的具体来源、实验地点、培养条件与测序平台细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于以下研究方向：一是了解硝基呋喃基哌嗪类小分子抑制脓肿分枝杆菌生长的作用机制；二是比较该类小分子在结核分枝杆菌与脓肿分枝杆菌中作用机制的异同；三是作为呼吸系统疾病 / 肺结核相关分枝杆菌研究的表达谱参考数据。由于数据以高通量测序表达谱形式组织，也可用于方法学层面的表达谱数据读取、字段核对与初步分析流程验证。需要强调的是，具体适用性仍需结合研究者自身问题与数据实际内容判断，源站未提供针对特定分析场景的验证结论。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE287881_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因字段含义或编码差异导致解析错误。系列矩阵文件通常包含样本信息与表达值矩阵，读取后可结合研究目的进行样本层面的整理与比较分析。关于具体的分析流程、标准化方法或统计模型，源站未提供，需由使用者根据数据实际情况自行确定。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件，数据规模与样本组成信息有限，源站未提供样本数量、重复设置、测序深度或质控指标等细节，因此难以仅凭现有信息对其数据质量作出全面评估。发布时间标注为 Jan 23 202，年份信息不完整，引用时需注意核对。数据集聚焦于特定小分子与特定分枝杆菌的作用机制研究，结论外推至其他化合物或其他菌种时应保持谨慎。此外，源站未提供许可条款与使用限制说明。

【引用与许可】

引用该数据集时，可参考其英文标题“GSE287881: Defining the mechanisms-of-action of nitrofuranyl piperazines against Mycobacterium abscessus”及作者 Ifeanyichukwu，Eke，并注明来源站 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、数据许可类型与再分发条件，源站未提供，使用前应向数据来源方核实。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE287881

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE287881

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

确定该小分子抑制脓肿分枝杆菌生长的功能，并开展比较研究，考察其在结核分枝杆菌与脓肿分枝杆菌中的作用机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别