GSE128412：定义耻垢分枝杆菌在好氧生长与缺氧条件下的转录及转录后景观

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE128412

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数据说明

结核分枝杆菌在人类肺部长期感染、增殖和存活的能力，在很大程度上取决于对基因表达的严格控制。全转录组分析是理解全局尺度基因调控的关键。在此，我们将5’端定向文库与RNAseq表达文库相结合，以深入了解分枝杆菌在对数期生长和缺氧（一种生理相关应激条件）下的转录组组织及转录后mRNA切割图谱。利用模式生物耻垢分枝杆菌，我们在对数期生长中高置信度地鉴定出6,090个转录起始位点（TSSs），其中67%被归类为已注释基因的主要TSSs，其余根据其基因组背景被分类为内部、反义或孤儿TSSs。有趣的是，超过25%的RNA转录本缺乏前导序列，而在确实具有前导序列的编码序列中，53%缺乏强共识Shine-Dalgarno位点。这表明，与结核分枝杆菌一样，耻垢分枝杆菌可通过多种机制启动翻译。

我们的方法还使我们能够识别出3000多个RNA切割位点，这些位点出现在一个新的序列基序上。据我们所知，这是首次报道分枝杆菌中全转录组范围的RNA切割位点图谱。这些切割位点显示出对mRNA调控区域的位置偏好，突显了转录后调控在基因表达中的重要性。我们表明，在低氧条件下——这种条件与感染期间的宿主环境相关——分枝杆菌改变了其转录组谱，并且内切核苷酸RNA切割显著减少，这为先前关于应激反应中mRNA半衰期增加的报道提供了一种机制解释。此外，在缺氧条件下触发了一些TSS，其中56个在其启动子区域含有sigma因子SigF的结合基序。这表明

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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