LAST ACT试验：基因型分层辅助地塞米松治疗HIV阴性成人结核性脑膜炎

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aaaf6a7b70cf12580eeb6fa8885787aa3b134928cbd63574104fe1cf8bf76c63f

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

结核性脑膜炎（TBM）是结核病最严重的形式。推荐HIV阴性成人使用辅助性糖皮质激素，尽管其获益似乎有限，且可能取决于宿主白三烯A4水解酶（LTA4H）基因型。LAST ACT试验（NCT03100786）是一项按基因型分层的随机、双盲、安慰剂对照III期试验，评估了地塞米松在HIV阴性越南成人TBM患者中的作用。共有613名LTA4H CC或CT基因型成人被随机分配接受地塞米松或安慰剂；89名TT基因型参与者接受了开放标签地塞米松。该试验发现，在CC/CT基因型参与者中，辅助性地塞米松无获益。该数据集支持对次要结局的分析：血液和脑脊液炎症反应的变化。对202名参与者进行了全血RNA测序（质控后：第0天：n=202；第14天：n=188；第60天：n=153）。使用Olink Explore 384 Inflammation Panel（Olink Proteomics，乌普萨拉，瑞典）对646名参与者测量了脑脊液炎症蛋白。

Olink检测在Erasmus MC（荷兰鹿特丹）内科系遗传实验室人类基因组学设施对675名参与者进行了第0天（n=675）和第30天（n=397）的测量。原始蛋白表达数据以归一化蛋白表达（NPX）单位报告，经对数2转换并使用板控方法归一化，以尽量减少技术变异。为校正批次效应，随后使用sva R包中的ComBat函数对NPX值进一步调整。31 在样本和蛋白水平均进行了质量控制（QC）程序。在样本水平，若样本在蛋白检测中的失败率≥50%（依据Olink内部QC标准判定），则将其作为劣质样本排除。通过主成分分析（PCA）识别离群值并排除

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。