治愈活动性肺结核个体结核菌素皮肤试验转录谱(RNA-Seq)

该数据集来自 EBI 的 Expression Atlas 实验(差异表达),物种为 Homo sapiens,对已治愈活动性肺结核个体的结核菌素皮肤试验进行转录组分析(RNA-Seq)

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浏览 5
基因组分类Differential
E-MTAB-8163: Transcriptional profiling of the tuberculin skin test in individuals cured of active tuberculosis disease (RNA-Seq)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

治愈活动性肺结核个体结核菌素皮肤试验转录谱(RNA-Seq)

E-MTAB-8163 是一项来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验数据集,英文全称为 Transcriptional profiling of the tuberculin skin test in individuals cured of active tuberculosis disease (RNA-Seq)。该数据集以 Homo sapiens 为研究对象,采用 RNA-Seq 技术,对已治愈活动性肺结核个体的结核菌素皮肤试验进行转录组分析,用以刻画结核菌素皮肤试验在该人群中的基因表达特征。数据集在分类上归属于呼吸系统疾病下的肺结核方向,主题标签为 Differential,即差异表达分析。整体而言,该数据集为研究肺结核治愈人群在结核菌素皮肤试验刺激下的转录响应提供了公开可获取的表达谱实验资源,适合作为差异表达分析与相关比较研究的参考数据。

【数据集背景】

该数据集聚焦于活动性肺结核疾病治愈后的个体,围绕结核菌素皮肤试验这一免疫学检测手段展开转录组层面的观察。结核菌素皮肤试验是结核病领域常用的免疫应答检测方法,而本实验以已治愈活动性肺结核个体为对象,通过 RNA-Seq 对其在结核菌素皮肤试验条件下的基因表达进行转录组分析。数据集来源于 EBI 的 Expression Atlas,属于其中的差异表达实验类型,物种为 Homo sapiens。该实验的设立,为在转录水平上考察治愈后人群对结核菌素皮肤试验的响应提供了数据基础。

【数据内容】

数据集的核心内容是结核菌素皮肤试验在已治愈活动性肺结核个体中的转录组分析结果,数据类型为 RNA-Seq 表达谱,实验类型为差异表达(Differential)。研究对象物种为 Homo sapiens。除上述信息外,关于样本数量、分组设计、具体基因列表、差异倍数与显著性指标等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,属于 EBI Expression Atlas 中的一项实验记录,实验编号为 E-MTAB-8163。源站将其描述为 Expression Atlas experiment (Differential),物种为 Homo sapiens,内容为对已治愈活动性肺结核个体的结核菌素皮肤试验进行转录组分析(RNA-Seq)。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批与具体实验流程等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其差异表达实验的定位与肺结核主题,该数据集可用于围绕结核菌素皮肤试验转录响应的差异表达分析,也可作为呼吸系统疾病尤其是肺结核方向转录组研究的参考数据。对于关注已治愈活动性肺结核个体免疫相关基因表达变化的研究,该数据集提供了可用的公开实验资源。具体适用的分析类型与研究方向,源站未提供更多说明。

【使用方法】

该数据集可通过 EBI Expression Atlas 获取,实验编号为 E-MTAB-8163。使用者可依据 Expression Atlas 平台对差异表达实验的常规展示方式查阅该实验的转录组分析结果。关于数据下载格式、文件组织、分析流程与参数设置等具体使用细节,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 EBI Expression Atlas 收录的差异表达实验,物种为 Homo sapiens,采用 RNA-Seq 技术。关于数据质量评估指标、样本量、批次效应、技术重复与验证情况等信息,源站未提供。使用时应结合实验类型与研究对象人群的限定条件理解其结果适用范围。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-8163

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Transcriptional profiling of the tuberculin skin test in individuals cured of active tuberculosis disease (RNA-Seq)

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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