E-MTAB-7679:婴儿气道巨噬细胞对结核分枝杆菌的多方面功能障碍

该数据集来自 EBI Expression Atlas 的 Differential 实验,物种为 Homo sapiens,主题为婴儿气道巨噬细胞在应对结核分枝杆菌时出现的多方面功能障碍

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基因组分类Differential
E-MTAB-7679: Multifaceted dysfunction of infant airway macrophages in response to Mycobacterium tuberculosis

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

E-MTAB-7679:婴儿气道巨噬细胞对结核分枝杆菌的多方面功能障碍

E-MTAB-7679 是一个聚焦呼吸系统疾病中肺结核方向的表达谱实验数据集,英文全称为“Multifaceted dysfunction of infant airway macrophages in response to Mycobacterium tuberculosis”。该数据集收录于 EBI Expression Atlas,属于其中的 Differential 类实验,研究物种为 Homo sapiens。从主题上看,该实验关注婴儿气道巨噬细胞在应对结核分枝杆菌感染时所表现出的多方面功能障碍,试图通过差异表达分析刻画宿主细胞在感染条件下的转录响应特征。数据集整体围绕肺结核这一重要呼吸道传染病展开,将研究视角落在婴幼儿这一特殊人群的气道免疫细胞上,对于理解结核感染的早期宿主—病原互作具有参考价值。以下从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面对该数据集作进一步说明。

【数据集背景】

肺结核由结核分枝杆菌引起,是呼吸系统疾病领域关注度较高的传染病之一。宿主气道巨噬细胞作为抵御分枝杆菌入侵的第一道免疫防线,其功能状态直接影响感染结局。婴幼儿免疫系统尚处于发育阶段,气道巨噬细胞在面对结核分枝杆菌时可能表现出与成人不同的应答模式。该数据集正是围绕“婴儿气道巨噬细胞在应对结核分枝杆菌时出现的多方面功能障碍”这一主题组织实验,属于 Differential 类型的表达分析实验,旨在通过差异表达层面的观察,呈现感染条件下基因表达的变化格局。关于实验所采用的具体供体信息、感染模型与时间设计,源站未提供。

【数据内容】

该数据集属于 EBI Expression Atlas 中的 Differential 实验,物种为 Homo sapiens,主题标签为 Differential,即差异表达分析。其核心内容为婴儿气道巨噬细胞在结核分枝杆菌刺激条件下与对照条件之间的基因表达差异结果。数据集名称所强调的“多方面功能障碍”,提示分析关注的是巨噬细胞在感染应答中多个功能层面的异常表现。关于具体包含的样本数量、分组设置、检测平台、基因或转录本数目以及差异表达基因列表等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,收录于 EBI Expression Atlas,实验编号为 E-MTAB-7679。源站将其描述为 Expression Atlas experiment (Differential),物种标注为 Homo sapiens,主题为婴儿气道巨噬细胞应对结核分枝杆菌的多方面功能障碍。除上述来源与归属信息外,关于样本采集地点、供体来源、伦理审批信息及实验操作流程等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病尤其是肺结核方向的表达差异研究,可用于了解婴儿气道巨噬细胞在结核分枝杆菌感染条件下的转录响应特征。其潜在应用包括:作为婴幼儿结核感染宿主免疫应答研究的参考表达数据;用于与成人或其他年龄段巨噬细胞感染模型的数据进行比较分析;为巨噬细胞功能障碍相关机制假设提供差异表达层面的线索。由于数据集聚焦婴儿气道巨噬细胞这一特定对象,适合用于该细胞类型与感染条件组合下的探索性分析。关于更具体的适用分析类型与推荐用途,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 EBI Expression Atlas 平台访问,实验编号为 E-MTAB-7679。使用者可依据 Expression Atlas 对 Differential 类实验的常规展示方式查看差异表达结果。关于数据下载格式、分析流程、标准化方法及配套工具等具体使用说明,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 EBI Expression Atlas 收录的 Differential 实验,来源平台具有规范的实验收录与展示体系。其局限在于:数据集聚焦婴儿气道巨噬细胞这一特定细胞类型与特定感染条件,结论外推到其他年龄段、其他细胞类型或其他感染模型时需谨慎。关于样本量、批次效应、统计阈值及验证实验等质量相关信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ebi.ac.uk 的 EBI Expression Atlas,实验编号为 E-MTAB-7679。关于具体的引用文献、作者信息及数据使用许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-7679

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Multifaceted dysfunction of infant airway macrophages in response to Mycobacterium tuberculosis

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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