MVA85A结核疫苗试验中幼儿诱导痰与胃灌洗样本Xpert MTB/RIF检测评估数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.tt29d

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数据集大小约 87.0 KB。

数据说明

目的：儿童结核病的诊断受到限制，因为从患有肺部疾病的年幼儿童中获取的呼吸道样本含菌量少。本研究旨在比较Xpert® MTB/RIF检测（一种自动化核酸扩增检测）在结核病流行地区年幼儿童诱导痰与胃灌洗样本之间的准确性。方法：我们分析了南非开普敦附近[2009-2012年]因结核病接受检查的4岁以下HIV阴性儿童的标准化诊断数据。从疑似结核病儿童中获取了两份配对、连续的诱导痰和清晨胃灌洗样本。样本接受了分枝杆菌生长指示管[MGIT]培养和Xpert MTB/RIF检测。我们使用两样本比例检验和McNemar χ2检验比较了各样本间的诊断阳性率；并使用Wilson评分法计算灵敏度和特异度。结果：在1，214次入院期间，对1，020名儿童进行了结核病评估。并非所有儿童都采集了4份样本。

在MGIT培养和Xpert MTB/RIF检测中，分别有57/4,463份样本[1.3%]和26/4,606份样本[0.6%]结核分枝杆菌检测呈阳性。在诱导痰和胃灌洗样本中，分别有27/2,198份[1.2%]和40/2,183份[1.8%]样本检测呈阳性[经Xpert MTB/RIF检测或MGIT培养]。在入院 episodes 中，诱导痰和胃灌洗样本分别有19/1,028例[1.8%]和33/1,017例[3.2%]经MGIT培养或Xpert MTB/RIF检测呈阳性。Xpert MTB/RIF检测对两份诱导痰样本的敏感性为8/30[26.7%；95% CI：14.2–44.4]，对两份胃灌洗样本的敏感性为7/31[22.6%；11.4–39.8][p = 0.711]。相应的特异性分别为893/893[100%；99.6–100]和885/890[99.4%；98.7–99.8][p = 0.025]。结论：与MGIT培养相比，Xpert MTB/RIF检测的敏感性较低，但Xpert MTB/RIF的诊断性能无差异

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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