利用微生物基因组学阐明中心静脉导管相关血流感染来源

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT02271243

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：实验室确认的血流感染、中心静脉导管相关血流感染、黏膜屏障损伤。这是一项在波士顿儿童医院（BCH）开展的前瞻性队列试点研究，旨在探究推测的CLABSI来源，我们认为其实际可能有多种来源，包括MBI。我们计划纳入BCH所有符合美国疾病控制与预防中心（CDC）MBI-LCBI定义的住院儿童，以及符合无MBI的CLABSI标准的儿童。对于所有入组患者，我们将从口腔、呼吸道、皮肤和粪便采集样本。这些样本将被培养，以观察从血液中生长的相同微生物种类和菌株是否也从这些其他部位生长。随后，培养物将被挑选分离菌落进行全基因组DNA测序，以评估不同身体部位之间的基因组多样性。粪便和血液样本将检测MBI标志物。所有患者入组和样本采集均将在BCH完成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。