COVID-19患者上呼吸道微生物组

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001004951

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理解COVID-19的病理机制是全球研究的优先事项。早期证据提示微生物组可能在疾病进展中发挥作用，然而当前研究报告的结果相互矛盾。在此，我们通过分析表型明确的COVID-19患者和对照组的上呼吸道微生物组，结合微生物组测序、病毒载量测定和免疫谱分析，考察COVID-19微生物组研究中潜在的混杂因素。我们发现，重症监护病房住院时间和氧疗支持类型解释了上呼吸道微生物组内最多的变异，使病毒载量、疾病严重程度和免疫状态的影响（不显著）相形见绌。具体而言，机械通气与群落结构改变、物种水平多样性降低和菌株水平多样性升高，以及与先前与COVID-19相关的口腔分类群的显著变化有关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。