未感染与RSV感染A549细胞的溶液内蛋白IEF结合自下而上质谱分析
该数据集来源于omicsdi.org，提供未感染与人类呼吸道合胞病毒（RSV）感染A549细胞（感染后24小时，五组配对生物学重复）的蛋白质组学数据
基本信息
资源简介
未感染与RSV感染A549细胞的溶液内蛋白IEF结合自下而上质谱分析
该数据集聚焦于未感染与人类呼吸道合胞病毒（RSV）感染状态下的A549细胞蛋白质组学分析，旨在通过比较两种条件下细胞蛋白质表达的变化，为理解RSV感染宿主细胞的分子机制提供数据基础。实验设计采用感染后24小时的时间点，并设置了五组配对生物学重复，以增强统计可靠性。数据来源于omicsdi.org，属于呼吸系统疾病/其他分类，主题标签为Proteomics。整体数据基于溶液内蛋白质等电聚焦（in-solution protein IEF）工作流程，并利用MaxQuant软件（版本1.3.0.5）进行后续处理，相关方法学可参考Dave等人于2014年发表的工作（PMID: 25106423）。该数据集为呼吸道病毒与宿主相互作用研究提供了可用的蛋白质组学资源。
【数据集背景】
人类呼吸道合胞病毒（RSV）是引起呼吸道感染的常见病原体，尤其对婴幼儿、老年人及免疫缺陷人群威胁较大。A549细胞系作为一种人肺腺癌细胞模型，常被用于呼吸道病毒感染的体外研究。本数据集通过比较未感染与RSV感染A549细胞在感染后24小时的蛋白质组差异，试图揭示病毒复制周期中宿主细胞蛋白质表达谱的变化。该研究背景与呼吸系统疾病领域直接相关，且采用了基于溶液内蛋白质等电聚焦的分离策略，结合自下而上的质谱鉴定方法，属于典型的蛋白质组学比较分析。数据集的构建有助于推动对RSV致病机制及潜在宿主靶点的认识。
【数据内容】
数据集包含未感染和RSV感染A549细胞（感染后24小时）的蛋白质组学数据，具体为五组配对生物学重复样本。每组配对包括未感染对照与相应感染样本，从而支持配对差异分析。数据以蛋白质组学原始或处理后形式呈现，主题标签为Proteomics。源站描述指出，数据与Dave等人（2014）描述的溶液内蛋白质等电聚焦工作流程相关，并经过MaxQuant（版本1.3.0.5）处理。除上述信息外，关于具体鉴定到的蛋白质数量、肽段数目、定量比值或统计显著性等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org，属于呼吸系统疾病/其他分类。实验材料为A549细胞，分别设置未感染对照组和RSV感染组，感染后24小时收集样本。样本制备采用溶液内蛋白质等电聚焦（in-solution protein IEF）策略，随后进行自下而上（bottom-up）质谱分析。数据共涉及五组配对生物学重复，即每个重复包含未感染与感染两种状态。数据处理使用MaxQuant软件版本1.3.0.5。关于质谱仪型号、色谱条件、裂解液组成、IEF具体参数等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究场景：一是RSV感染宿主细胞蛋白质组变化的比较分析，可用于识别感染后差异表达蛋白；二是作为方法学参考，展示溶液内蛋白质等电聚焦结合自下而上质谱在病毒-宿主相互作用研究中的应用；三是可用于与其他RSV感染蛋白质组学数据集进行整合或元分析，前提是实验条件与处理流程相近；四是支持呼吸系统疾病相关生物标志物或宿主靶点的初步筛选。由于包含五组配对生物学重复，该数据适合进行配对统计检验。但需注意，具体适用性取决于用户对数据质量、覆盖度和定量准确性的评估，源站未提供相关性能指标。
【使用方法】
用户可通过omicsdi.org获取该数据集。使用前建议了解源站描述中提及的Dave等人（2014）工作流程及MaxQuant 1.3.0.5处理参数，以便正确解读数据。典型使用流程包括：下载数据文件，根据源站提供的格式说明进行解析；若为蛋白质定量结果，可进行配对差异分析，比较未感染与RSV感染组；可结合功能富集或通路分析工具对差异蛋白进行生物学解释。由于源站未提供详细的数据格式、文件列表或预处理步骤，用户需自行查阅源站页面或相关文献以获取完整操作指南。此外，使用时应关注版本兼容性，尤其是MaxQuant旧版本可能影响结果重现。
【质量与限制】
该数据集设置了五组配对生物学重复，有助于提高统计效力。实验采用感染后24小时单一时间点，可能无法反映病毒感染的动态过程。数据基于A549细胞系，其结论外推到原代细胞或体内环境需谨慎。源站未提供关于质谱鉴定深度、定量精度、缺失值比例、批次效应或归一化方法等质量指标。此外，MaxQuant 1.3.0.5为较旧版本，与现代版本相比可能在算法和默认参数上存在差异。用户应意识到这些限制，并在分析中加以考虑。关于数据的具体质量评估，源站未提供。
【引用与许可】
源站描述中提及数据与Dave等人（2014）的工作流程相关，该文献PMID为25106423。使用该数据集时，建议引用原始文献及omicsdi.org来源。关于数据集的许可协议、使用条款或版权信息，源站未提供。用户应直接访问omicsdi.org页面以获取最新的引用要求和许可说明。若需二次分发或商业使用，需自行确认合规性。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000079453
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
来自未感染和人类呼吸道合胞病毒（RSV）感染的A549细胞（感染后24小时；五组配对生物学重复）的蛋白质组学数据。该数据与Dave等人（2014年）（PMID：25106423）描述的溶液内蛋白质等电聚焦工作流程相关。数据使用MaxQuant（版本1.3.0.5）进行处理。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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