感染SARS-CoV-2的Peromyscus leucopus肺转录组
实验采用鼻吸入方式，分别给予DMEM培养基（对照）或SARS-CoV-2 alpha变异株WA1，第一轮试验中8只动物接种病毒（滴度2x104）、6只接种DMEM，感染后第3或6天安乐死；第二轮试验动物年龄1-3岁，设三组：培养基对照、热灭活病毒对照和感染组，每组4只，于感染后第3或6天安乐死
基本信息
资源简介
感染SARS-CoV-2的Peromyscus leucopus肺转录组
Transcriptome of Peromyscus leucopus lungs infected with SARS-CoV-2
该数据集为感染SARS-CoV-2的Peromyscus leucopus（白足鼠）肺组织转录组数据，来源于search.dataone.org。实验采用鼻吸入方式，分别给予DMEM培养基（对照）或SARS-CoV-2 alpha变异株WA1，第一轮试验中8只动物接种病毒（滴度2x104）、6只接种DMEM，感染后第3或6天安乐死；第二轮试验动物年龄1-3岁，设三组：培养基对照、热灭活病毒对照和感染组，每组4只，于感染后第3或6天安乐死。数据可用于研究该物种对SARS-CoV-2的感染耐受及呼吸系统疾病相关宿主反应（来源 DataONE）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：Peromyscus leucopus 是多种人畜共患病的储存宿主，也是北美数量最多的哺乳动物之一。由于它们生活在人类附近，我们从人畜共患病的角度对 SARS-CoV-2 感染这一动物模型的可能性感兴趣。第一轮试验的实验设计涉及使用成年雄性和雌性 P. leucopus LL 品系。动物通过鼻吸入方式给予单独的组织培养基（DMEM）（对照组）或 SARS-CoV-2 病毒的 alpha 变异株、WA1 株。我们给 8 只动物接种了病毒（滴度 2x104），给 6 只动物单独接种了 DMEM。动物在感染后第 3 天或第 6 天被安乐死。对于第二轮试验，P. leucopus 动物为 1-3 岁，我们设有 3 组：鼻吸入培养基的对照动物、鼻吸入热灭活病毒的对照动物和感染动物。每组有 4 只动物在感染后第 3 天或第 6 天被安乐死。
【主题与分类】
主题标签：Peromyscus leucopus、SARS-CoV-2、infection tolerance。本站分类：呼吸系统疾病/其他。
【获取与许可】
源站页面：https://search.dataone.org/view/sha256%3Acaa400962d3b3295018ca1daad369e6e43290ae4681b2e05b9451cb8333f547e
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
白足鼠（Peromyscus leucopus）是多种人畜共患病的储存宿主，也是北美数量最多的哺乳动物之一。由于它们生活在人类附近，我们从人畜共患病的角度关注这种动物模型感染SARS-CoV-2的可能性。第一次试验的实验设计包括使用成年雄性和雌性白足鼠LL品系。动物通过鼻腔吸入单独的组织培养基（DMEM）（对照组）或SARS-CoV-2病毒的alpha变异株WA1株。我们给8只动物接种了病毒（滴度2x10^4），给6只动物单独接种了DMEM。动物在感染后3天或6天实施安乐死。第二次试验中，白足鼠年龄为1-3岁，我们设置了3组：鼻腔吸入培养基的对照动物、鼻腔吸入热灭活病毒的对照动物和感染动物。每组有4只动物在感染后3天或6天（DPI）实施安乐死。肺组织用于RNA提取和进一步测序，以获得40 x 10^6……
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
