烟曲霉钙调磷酸酶转录组分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-13939

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

钙调磷酸酶在真菌细胞形态和毒力控制中发挥重要作用。钙调磷酸酶是一种丝氨酸/苏氨酸特异性蛋白磷酸酶异二聚体，由催化亚基A和调节性Ca2+/钙调蛋白结合亚基组成。缺乏钙调磷酸酶A（calA）催化亚基的烟曲霉突变体表现出与顶端延伸和分枝生长相关的菌丝形态缺陷，导致丝状化急剧减少。在此，我们通过比较测定烟曲霉野生型和delta calA突变体菌株的转录谱，研究了在增殖过程中烟曲霉钙调磷酸酶影响哪些通路。我们的结果表明，尽管delta calA突变体菌株中线粒体功能降低，但其呼吸链功能正常，且该突变体具有增加的替代氧化酶（aoxA）mRNA积累和活性。此外，我们鉴定出几个编码转录因子的基因，这些基因在delta calA突变体中mRNA表达增加，可能参与Cal-CrzA通路。

这些转录因子的缺失突变体对伊曲康唑、卡泊芬净和十二烷基硫酸钠的敏感性也降低了。对于时间过程微阵列实验，将烟曲霉野生型[CEA17 delta akuB(KU80)]和突变株(delta calA)各1.0 x 10^9个分生孢子接种到1 L锥形瓶中的400 ml预热完全培养基(YG)液体培养物中。培养物在37°C的往复式摇床(250 rpm)中培养6、8、12、18和24小时。在每个时间点，通过离心或过滤收集萌发管并提取总RNA。杂交实验采用竞争性方法，使用来自野生型和delta calA株培养6、8、12、18和24小时的Cy3或Cy5标记探针。杂交以野生型RNA作为参考，与同一时间点的突变株(测试RNA)进行比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。