重度肺气肿与正常或轻度肺气肿患者肺组织转录谱分析

该数据集来自 ebi.ac.uk,为人类肺组织的转录谱分析数据,比较重度肺气肿患者与正常或轻度肺气肿患者的肺组织。数据涉及 18 例重度肺气肿患者和 12 例轻度/无肺气肿患者,样本来源于肺减容手术切除的重度肺气肿组织,以及吸烟者中疑似肺癌结节切除的正常或轻度肺气肿肺组织

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基因组分类transcription profiling by arrayHomo sapiens
Transcription profiling of human lung tissue from severe emphysema versus normal or mild emphysema human patients

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

重度肺气肿与正常或轻度肺气肿患者肺组织转录谱分析

该数据集为人类肺组织的转录谱分析数据,英文名称为“Transcription profiling of human lung tissue from severe emphysema versus normal or mild emphysema human patients”,在站内归入呼吸系统疾病 / 其他分类,来源站为 ebi.ac.uk。数据集的核心比较对象是重度肺气肿患者的肺组织与正常或轻度肺气肿患者的肺组织,共涉及18例重度肺气肿患者和12例轻度/无肺气肿患者。样本一方面来自肺减容手术切除的重度肺气肿组织,另一方面来自吸烟者中因疑似肺癌结节而切除的正常或轻度肺气肿肺组织。该数据可用于探索慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制相关的研究方向,主题标签为转录谱分析芯片(transcription profiling by array)和智人(Homo sapiens)。

【数据集背景】

肺气肿是慢性阻塞性肺疾病(COPD)的重要病理表现之一,其发生发展涉及复杂的分子机制。该数据集围绕重度肺气肿与正常或轻度肺气肿肺组织之间的转录谱差异展开,目的在于通过比较不同病变程度肺组织的基因表达特征,为理解COPD相关的致病机制提供研究材料。源站描述指出,相关研究可能为慢性阻塞性肺疾病(COPD)所涉及的致病机制提供见解。数据集以人类肺组织为研究对象,属于呼吸系统疾病研究范畴,在站内分类中归入“呼吸系统疾病 / 其他”。

【数据内容】

该数据集属于转录谱分析芯片数据,主题标签包括“transcription profiling by array”和“Homo sapiens”。其数据内容对应重度肺气肿肺组织与正常或轻度肺气肿肺组织之间的比较性转录谱分析。数据集覆盖的样本来自18例重度肺气肿患者和12例轻度/无肺气肿患者。关于芯片平台、探针数量、表达矩阵的具体规模、差异表达基因列表、统计阈值及分析流程等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为ebi.ac.uk。样本采集涉及两类临床来源:其一为肺减容手术切除的重度肺气肿组织;其二为吸烟者中因疑似肺癌结节而切除的正常或轻度肺气肿肺组织。数据集共纳入18例重度肺气肿患者和12例轻度/无肺气肿患者。关于样本采集时间、伦理审批信息、患者年龄与性别构成、吸烟史量化指标、组织处理与RNA提取方法等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病特别是肺气肿与慢性阻塞性肺疾病(COPD)相关的转录谱比较研究,可用于探索重度肺气肿与正常或轻度肺气肿肺组织之间的基因表达差异,并服务于COPD致病机制的研究方向。其比较设计也可为肺组织转录组层面的差异分析、候选基因筛选和机制假设生成提供数据基础。关于该数据集在具体研究中的验证结论或已发表成果,源站未提供。

【使用方法】

该数据集为转录谱分析芯片数据,使用时应以重度肺气肿组与正常或轻度肺气肿组的比较为核心分析框架,结合样本分组信息开展差异表达分析。由于源站未提供芯片平台、数据格式、预处理方法、归一化策略及统计方法等具体信息,实际使用前需依据数据文件本身及源站说明确认分析流程。关于数据下载方式、文件组织结构和配套分析代码,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的样本量明确为18例重度肺气肿患者和12例轻度/无肺气肿患者,样本来源涉及肺减容手术与疑似肺癌结节切除两类临床情境。源站未提供关于数据质量控制指标、批次效应评估、缺失值处理、临床混杂因素控制及数据完整性验证等信息。使用时应关注样本来源差异可能带来的影响,但具体限制说明源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为ebi.ac.uk。关于数据集的引用方式、原始文献、作者列表、发表期刊、数据许可协议及使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-GEOD-1650

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Avrum Spira (2007). Transcription profiling of human lung tissue from severe emphysema versus normal or mild emphysema human patients [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-GEOD-1650

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