畜禽密集区COPD患者与对照的口咽微生物组数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.6303130

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 515.6 KB。

数据说明

这个可直接加载的phyloseq R S4对象包含ASV表、分类表和样本元数据。该数据集使用DaDa2（版本1.6.0）和phyloseq（版本1.223）R包构建，基于我们存放于NCBI-SRA、BioProject编号为PRJNA810336的原始MiSeq PE300测序数据。更多元数据可应要求提供。研究：牲畜养殖场的空气污染是慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者已知的呼吸健康风险。我们假设空气污染物可能通过调节气道微生物组影响呼吸健康。因此，我们研究了牲畜密集地区COPD患者和对照者口咽微生物群（OPM）组成的决定因素。从99名社区来源的（多为轻度）COPD病例和184名对照者（基线）采集口咽拭子，并在6周和12周后再次采集。参与者为非吸烟者或既往吸烟者。家庭住址处与牲畜相关的年平均室外空气污染通过扩散模型进行预测。

采用基于16S rRNA的测序方法，对所有基线样本以及随机选取的20名受试者在第6周和第12周重复采集的样本（n=323份样本）进行了OPM组成分析。在校正已知混杂因素后，病例对照状态与群落结构无关（多变量PERMANOVA p>0.05）。然而，链球菌属（Streptococcus）成员在COPD组中丰度更高（Benjamini-Hochberg校正p<0.01）。农场排放的内毒素和PM10水平均与COPD患者丰富度增加相关（p<0.05）。Procrustes分析显示，对20名受试者在0、6和12周分析的排序（Bray-Curtis相异性的主坐标分析）之间存在中度相关性（r=0.52至0.66；p<0.05），表明OPM在12周期间相对稳定，且单一样本足以代表OPM。结果表明，社区来源的COPD患者与对照相比，OPM存在适度差异。L

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。