下呼吸道微生物群与抗菌肽提示结节病中的菌群失调

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.sn02v6x60

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 23.5 MB。

数据说明

理由：肺部微生物组在结节病中的作用尚不清楚。目的：本研究的目的为：1）检查结节病患者与对照者相比，肺部真菌和细菌微生物群是否存在差异。2）检查微生物群与保护性支气管肺泡灌洗液（PBAL）中抗菌肽（AMPs）水平之间是否存在关联，以指示与先天免疫反应的相互作用。方法：35名结节病患者和35名健康对照者接受了支气管镜检查，并采集了口洗液（OW）、保护性支气管肺泡灌洗液（PBAL）和左侧保护性无菌刷检（LPSB）样本。对真菌ITS1区域和细菌16SrDNA基因的V3V4区域进行了测序。使用QIIME 2进行生物信息学分析。通过酶联免疫吸附测定（ELISA）检测PBAL中的抗菌肽分泌型白细胞蛋白酶抑制剂（SLPI）以及人β防御素1和2（hBD-1和hBD-2）。测量结果与主要结果：在结节病患者的PBAL样本中，曲霉菌占主导地位。细菌分类学上的差异较小。

结节病组与对照组之间真菌α多样性无显著差异，但结节病组在OW（p=0.047）和PBAL（p=0.03）中的细菌α多样性显著低于对照组。结节病组与对照组相比，真菌和细菌的β多样性均存在差异。与对照组相比，结节病组的AMP水平显著降低（SLPI和hBD-1：p<0.01）。α多样性与AMP之间未发现显著相关性。结论：结节病患者的肺部真菌和细菌微生物群与对照组不同，且结节病患者抗菌肽水平较低。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。