慢性阻塞性肺疾病人肺组织空间转录组图谱（Xenium）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE313006

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了在空间上对疾病相关细胞状态进行背景化并加以扩展，我们对来自38名参与者的FFPE肺组织生成了Xenium空间转录组学数据，涵盖了COPD疾病谱。使用定制的480基因Xenium panel对四个组织微阵列（TMA1–TMA4）进行了分析。这些数据捕获了炎症、再生和重塑细胞状态的原位组织方式，并揭示了与COPD病理相关的空间局部微环境和细胞间通讯模式。该数据集为表征COPD肺组织中的微环境结构和细胞间相互作用提供了高分辨率的空间背景。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。