慢性阻塞性肺疾病(COPD)人肺组织单核转录组图谱 [snRNA-seq]

该数据集为慢性阻塞性肺疾病(COPD)人肺组织的单核 RNA 测序(snRNA-seq)数据,覆盖从无 COPD 到全疾病谱的个体

omicsdi
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基因组分类Transcriptomics
Single-nucleus transcriptomic profiling of human lung tissue in chronic obstructive pulmonary disease (COPD) [snRNA-seq]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-12

资源简介

慢性阻塞性肺疾病(COPD)人肺组织单核转录组图谱 [snRNA-seq]

该数据集为慢性阻塞性肺疾病(COPD)人肺组织的单核 RNA 测序(snRNA-seq)数据,覆盖从无 COPD 到全疾病谱的个体。慢性阻塞性肺疾病在临床和分子层面均具有异质性,该数据集通过单核 RNA 测序技术对来自有无 COPD 个体的肺组织进行 profiling,旨在探究 COPD 的异质性。数据集共产生 1,516,727 个高质量细胞转录组,来源于 141 名受试者的 146 个肺叶。数据捕获了上皮、基质和免疫细胞群体中细胞组成的广泛变化以及与疾病相关的细胞状态,定义了 COPD 异质性的细胞景观,揭示了可能指导治疗策略的分子驱动因素和生物标志物。该数据集属于呼吸系统疾病 / 其他分类,主题标签为 Transcriptomics,来源站为 omicsdi.org。

【数据集背景】

慢性阻塞性肺疾病(COPD)在临床和分子层面具有异质性。为研究 COPD 的异质性,研究者对来自有无 COPD 个体、覆盖全疾病谱的肺组织进行了单核 RNA 测序(snRNA-seq)。该数据集旨在通过单核转录组学手段,刻画 COPD 异质性背后的细胞组成变化和疾病相关细胞状态,从而揭示分子驱动因素和生物标志物,为治疗策略提供信息。

【数据内容】

该数据集包含 1,516,727 个高质量细胞转录组,来源于 141 名受试者的 146 个肺叶。数据覆盖了从无 COPD 到全疾病谱的个体。数据集捕获了上皮、基质和免疫细胞群体中细胞组成的广泛变化以及与疾病相关的细胞状态。这些数据定义了 COPD 异质性的细胞景观,并揭示了可能指导治疗策略的分子驱动因素和生物标志物。主题标签为 Transcriptomics。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。源站描述指出,研究对来自有无 COPD 个体、覆盖全疾病谱的肺组织进行了单核 RNA 测序(snRNA-seq),并生成了上述细胞转录组数据。数据集英文名称为 Single-nucleus transcriptomic profiling of human lung tissue in chronic obstructive pulmonary disease (COPD) [snRNA-seq]。本站分类为呼吸系统疾病 / 其他。除上述信息外,源站未提供更详细的采集时间、地点、平台或样本处理流程等信息。

【适用场景】

该数据集适用于研究慢性阻塞性肺疾病(COPD)的异质性,包括在细胞组成层面比较有无 COPD 个体及全疾病谱样本的差异,分析上皮、基质和免疫细胞群体中与疾病相关的细胞状态,以及探索可能指导治疗策略的分子驱动因素和生物标志物。由于数据覆盖从无 COPD 到全疾病谱的个体,也可用于识别疾病相关细胞状态的变化模式。源站未提供其他具体适用场景。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法、数据格式、访问方式或分析流程。用户需参考来源站 omicsdi.org 上的原始条目获取进一步信息。

【质量与限制】

该数据集包含 1,516,727 个高质量细胞转录组,来源于 141 名受试者的 146 个肺叶。源站未提供关于数据质量评估指标、批次效应、技术偏差、样本纳入排除标准或潜在限制的更多信息。使用时应考虑 COPD 异质性研究的固有复杂性,并参考源站描述中提及的覆盖全疾病谱的设计。除上述内容外,源站未提供其他质量与限制信息。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。用户需参考来源站 omicsdi.org 上的原始条目获取相关说明。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE310058

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性阻塞性肺疾病(COPD)在临床和分子层面均具有异质性。为了探究COPD的异质性,我们对涵盖全疾病谱的COPD患者及非COPD个体的肺组织进行了单核RNA测序(snRNA-seq)。我们从141名受试者的146个肺叶中获得了1,516,727个高质量细胞转录组。该数据集捕捉到了上皮、基质和免疫细胞群体中细胞组成及疾病相关细胞状态的广泛变化。这些数据界定了COPD异质性的细胞图谱,揭示了可为治疗策略提供信息的分子驱动因素和生物标志物。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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