H3N2感染hiPSC来源肺泡样肺类器官的单细胞RNA测序

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-15980

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

来自2个不同供体的hiPSC按先前所述方法（DOI: 10.1038/s41596-019-0220-0）分化为肺泡样类器官（iPSC-aLOs）。iPSC-aLOs或维持于包埋于细胞外基质中的“穹顶”培养，或翻转成顶端朝外构型以允许流感H3N2感染。顶端朝外的iPSC-aLOs暴露于或不暴露于H3N2。感染后24小时收集iPSC-aLOs并解离为单细胞。样本通过膜脂条形码进行多重标记，并按照10X Genomics说明从单细胞包封至NGS。该数据集可用于比较穹顶和顶端朝外培养条件下iPSC-aLOs的细胞组成，以及iPSC-aLOs在感染后24小时单一时间点、MOI=1时对流感病毒H3N2感染的应答。每个样本（HUB 07-09）包含多重条件：穹顶培养对照、顶端朝外培养对照（两者均未感染）、感染后24小时。出于人类数据敏感性考虑，本实验仅提交了处理后数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。