鲑鱼巨噬细胞对杀鲑气单胞菌早期应答

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-8526

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数据说明

杀鲑气单胞菌是一种导致疖病的鱼类病原体。该菌的强毒株能够感染鲑科鱼类的巨噬细胞并在其内存活，尽管有利于细胞内生存的机制尚未完全明了。已知与在肉汤中体外培养相比，在宿主体内腹腔中培养的杀鲑气单胞菌会发生基因表达和表面结构的变化。因此，本研究比较了巨噬细胞对体内和体外培养的杀鲑气单胞菌的应答反应。从大西洋鲑（Salmo salar）头肾中分离的富集巨噬细胞在96孔微量滴定板中进行体外感染，并使用定制的大西洋鲑cDNA微阵列监测感染过程中的基因表达变化。使用在胰蛋白酶大豆肉汤中和腹腔植入物中培养的杀鲑气单胞菌培养物感染巨噬细胞。在将细菌加入培养基后0.5、1.0和2.0小时收获巨噬细胞。

在感染后2.0小时，通过微阵列分析，感染了肉汤培养和植入物培养细菌的巨噬细胞中基因表达出现了显著变化；然而，qPCR分析显示，暴露于植入物培养细菌的巨噬细胞中JunB和TNF-α的上调出现得更早。这些基因及其他基因的上调与气单胞菌属细菌胞外产物对巨噬细胞的影响一致，也提示了先天免疫应答的启动。关键词：时间进程 从24条对乙酸肉豆蔻酸佛波酯显示阳性呼吸爆发的应答鱼中富集的巨噬细胞，被接种到96孔平底聚苯乙烯组织培养板的各个孔中。将杀鲑气单胞菌加入巨噬细胞中，孵育0.5、1.0或2.0小时。对照孔接受10微升HBSS。每种细菌进行了三次重复感染。杂交实验进行了两次，交换

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。