PROSAIC-19：COVID-19 感染队列前瞻性纵向评估

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT04444609

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：COVID-19、SARS-CoV-2、ARDS、人类、免疫系统疾病。

引言

1.1 背景

由SARS-CoV-2感染引起的2019冠状病毒病(COVID-19)是一种新出现的快速传播的传染病，目前尚无确证有效的治疗方案。该病毒引发的疾病谱广泛，从轻微的感冒症状到需要呼吸机支持的严重呼吸功能损害不等。英国公共卫生部的指南指出，若干群体面临重症风险，包括老年人和患有慢性肺病的人。此外，关于皮质类固醇的作用也存在争议，一些医院指南推荐使用，尽管世界卫生组织的指导与此相矛盾，原因是担心皮质类固醇可能损害抗病毒免疫力并加重病情。对于某些感染COVID-19个体疾病严重程度的驱动机制，目前了解甚少。我们迫切需要理解这些机制，以促进新型有效疗法和疫苗的快速研发。

1. 对严重COVID-19疾病的免疫易感性

SARS-CoV-2可能通过几种推测的机制，在易感个体中导致更严重的疾病。

这些包括：1. 先天性抗病毒免疫反应受损。病毒入侵后，呼吸系统病毒的先天免疫反应涉及I型和III型干扰素（IFN）的诱导。这一过程启动了一系列级联反应，触发多种干扰素刺激基因的表达，这些基因编码的蛋白质协同作用以限制病毒复制。慢性肺部疾病，尤其是哮喘、囊性纤维化（CF）和慢性阻塞性肺病（COPD），与对常见病毒如鼻病毒和流感病毒的干扰素诱导受损或失调有关，类似的失调也可能在SARS-CoV-2感染中出现。目前，吸入型干扰素-β作为哮喘和COPD的抗病毒治疗正在试验中。2. 对病毒感染的过度炎症反应。常见的呼吸道病毒感染，如流感和呼吸道合胞病毒（RSV），可促进病毒

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。