利用RNA-seq分析牛肺泡巨噬细胞microRNA表达谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-41138

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们采用下一代测序策略，测定了牛肺泡巨噬细胞的miRNA表达谱。我们使用Illumina HiSeq 2000测序仪，对8个miRNA文库进行了测序，这些文库是从8只不同健康动物（Bos taurus）分离的肺泡巨噬细胞小RNA组分中制备的。根据数据，预测了潜在的新miRNA，并确定了已知miRNA的表达水平。我们报告，在牛肺泡巨噬细胞中有80个已知牛miRNA表达，其表达量超过每百万 reads 100。表达量最高的miRNA是bta-miR-21，其次是bta-miR-27a。此外，还鉴定出一个推定的新型牛miRNA。据我们所知，这是首个对牛肺泡巨噬细胞miRNA表达进行谱分析的RNA-seq研究，为研究miRNA在这一重要免疫细胞类型中所发挥的调控作用提供了重要的参考数据集。利用RNA-seq检测牛肺泡巨噬细胞miRNA表达谱。肺泡巨噬细胞是从8只动物的肺灌洗液中分离的。

使用Qiagen RNeasy Plus mini试剂盒从细胞中制备小RNA组分，并使用Epicentre Scriptminer多重试剂盒构建miRNA测序文库。测序在Illumina HiSeq 2000仪器上进行。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。