PRJNA983718：COVID-19 ARDS患者中性粒细胞基因表达与28天呼吸机脱机的关联（第2部分）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA983718

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据说明

理由 COVID-19可导致ARDS，这是一种危及生命的疾病，需要长期通气支持。中性粒细胞活化是ARDS肺损伤的关键介质。然而，重症时外周血中性粒细胞RNA表达与28天呼吸机脱机的相关性尚未明确。目的 阐明COVID-19患者28天呼吸机脱机与全血RNA测序分析的关系。此外，对中性粒细胞进行单细胞RNA测序，以分析各亚群基因表达水平的变化。方法 采用28例COVID-19 ARDS患者（非脱机组9例，脱机组19例）和16例健康对照者的全血进行批量测序。随后，对5例COVID-19 ARDS患者（非脱机组3例，脱机组2例）和6例健康个体外周血分离的中性粒细胞进行单细胞RNA测序。

测量与主要结果 尽管在全血批量RNA测序中，非呼吸机脱机组与呼吸机脱机组之间没有明显差异，但单细胞RNA测序结果揭示了非呼吸机脱机组、呼吸机脱机组和健康个体之间存在明显差异。结论 我们的研究表明，COVID-19 ARDS患者在重症时中性粒细胞的基因表达可能与28天呼吸机脱机相关。总体设计：使用梯度离心和红细胞裂解缓冲液从全血中分离粒细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。