NS1缺失流感病毒载体鼻内COVID-19疫苗抑制SARS-CoV-2炎症反应（小鼠肺scRNA-seq数据）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA950408

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

SARS-CoV-2（严重急性呼吸综合征冠状病毒2）变异株的出现及“解剖学逃逸”特性威胁着当前2019冠状病毒病（COVID-19）疫苗的有效性。亟需理解广谱呼吸道保护的免疫学机制，以指导更广泛疫苗的研发。本研究探讨了一种NS1缺失型流感病毒载体鼻内COVID-19疫苗（dNS1-RBD）所诱导的免疫应答，该疫苗针对SARS-CoV-2变异株提供广谱保护。鼻内接种dNS1-RBD可诱导固有免疫、训练免疫以及覆盖上下呼吸道的人体组织驻留记忆T细胞。与对照组相比，该疫苗通过抑制SARS-CoV-2攻击后的早期病毒载量并降低促炎细胞因子（IL-6、IL-1B和IFN-γ）水平来限制炎症反应，从而减少过度免疫诱导的组织损伤。通过诱导局部细胞免疫和训练免疫，鼻内接种NS1缺失型流感病毒载体疫苗代表了一种广谱COVID-19疫苗策略，可减轻疾病负担。

为研究dNS1-RBD、dNS1-Vector和野生型流感病毒CA04在C57BL/6小鼠肺部引发的免疫反应，我们对C57BL/6小鼠进行疫苗接种/感染，并在接种/感染后不同时间点采集肺样本进行单细胞RNA测序，随后基于该数据集进行标准化、聚类、降维、细胞类型注释、差异表达分析和富集分析。总体设计：对接种/感染dNS1-RBD、dNS1-Vector和野生型流感病毒CA04后不同时间点（感染后1、7、44天）的C57BL/6小鼠肺部scRNA-seq数据进行比较基因表达和富集分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。