ARDS体外模型中气道中性粒细胞的转录分析

该数据集来自 NCBI,聚焦 ARDS 体外模型中气道中性粒细胞的转录分析。研究将健康供者外周血中性粒细胞在体外分别向趋化因子对照(A1 细胞)或患者来源的 ARDS 气道液体(A2 细胞)迁移,每位供者均接受两种条件处理

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时间序列分类Transcriptome or Gene expressionCOVID-19
PRJNA948385: Transcriptional analysis of airway neutrophils in an in vitro model of ARDS

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

ARDS体外模型中气道中性粒细胞的转录分析

PRJNA948385 是一个来自 NCBI 的转录组数据集,主题为“体外 ARDS 模型中气道中性粒细胞的转录分析”。该数据集关注中性粒细胞在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)及新冠诱导的 ARDS 条件下对肺部环境的适应过程。研究设计将健康供者外周血中性粒细胞分离后,在体外分别向趋化因子对照(A1 细胞)或患者来源的 ARDS 气道液体(A2 细胞)迁移,每位供者均接受两种条件处理,从而在同一供者背景下比较两种迁移条件对应的基因表达特征。数据集归类于呼吸系统疾病 / 其他,主题标签为 Transcriptome or Gene expression,适合用于研究中性粒细胞在 ARDS 气道微环境中的转录响应。

【数据集背景】

急性呼吸窘迫综合征(ARDS)是一种严重的肺部炎症性疾病,中性粒细胞在肺内的募集与适应被认为是其病理过程的重要环节。新冠感染可诱发类似的 ARDS 表现,进一步凸显了研究中性粒细胞如何响应气道微环境的必要性。该数据集正是围绕这一背景而设计:通过体外迁移模型,模拟健康供者血液中性粒细胞进入 ARDS 患者气道液体环境的过程,并以趋化因子对照条件作为参照,以便在转录水平上观察中性粒细胞对 ARDS 气道信号的适应特征。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明其核心内容为基因表达相关的转录组数据。研究涉及两类细胞状态:向趋化因子对照迁移的 A1 细胞,以及向患者来源 ARDS 气道液体迁移的 A2 细胞。每位供者均接受两种条件处理,因此数据在设计上具备供者内配对比较的基础。关于具体样本数量、测序平台、数据文件类型与规模等信息,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本采集方面,中性粒细胞来自健康供者外周血,经分离后在体外进行迁移实验;迁移目标分别为趋化因子对照和来源于患者的 ARDS 气道液体。研究目的为考察中性粒细胞在 ARDS 及新冠诱导的 ARDS 期间对肺部的适应。关于供者数量、患者来源细节、伦理审批与具体实验流程等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病尤其是 ARDS 相关的中性粒细胞转录响应研究,可用于比较中性粒细胞在趋化因子对照与 ARDS 气道液体条件下的基因表达差异,也可为新冠诱导 ARDS 的机制探索提供体外模型层面的转录组参考。此外,供者内两种条件配对的设计适合开展配对差异分析。关于更具体的适用分析类型,源站未提供。

【使用方法】

使用时应围绕 A1 与 A2 两种迁移条件的对比来组织分析,并考虑每位供者接受两种处理所带来的配对结构。由于数据集主题为转录组或基因表达,分析可聚焦于基因表达层面的比较。关于数据下载方式、文件格式、预处理流程与推荐分析工具等信息,源站未提供。

【质量与限制】

该研究为体外模型,中性粒细胞向 ARDS 气道液体的迁移并不能完全等同于体内肺部环境。数据仅涉及健康供者外周血中性粒细胞在两种体外条件下的转录分析,关于样本量、测序深度、重复数及质控指标等信息,源站未提供。使用时应结合体外模型的特点谨慎解释结论。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA948385

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

研究中性粒细胞在ARDS及COVID诱导的ARDS期间对肺部的适应机制。总体设计:从健康供体分离血液中性粒细胞,并在体外分别向趋化因子对照(A1细胞)或来源于患者的ARDS气道液体(A2细胞)进行迁移。每位供体的中性粒细胞均向这两种条件进行迁移。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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