PRJNA810437：香烟烟雾诱导的慢性阻塞性肺疾病模型中骨骼肌功能障碍的失调肌因子和信号通路

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE235644

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：探讨香烟烟雾诱导的慢性阻塞性肺疾病模型中骨骼肌功能障碍的肌因子及信号通路。方法：按照操作手册说明，使用Trizol（Invitrogen，Carlsbad，California，USA）从肌肉组织中提取总RNA。取约60 mg组织置于2 mL管中，用液氮研磨成粉末，随后匀浆2分钟并水平静置5分钟。混合物于4°C、12,000×g离心5分钟，然后将上清液转移至新的EP管中，加入0.3 mL氯仿/异戊醇（24:1）。混合物剧烈振荡15秒，然后于4°C、12,000×g离心10分钟。离心后，将含有RNA的上层水相转移至新管中，加入等体积上清的异丙醇，然后于4°C、13,600 rpm离心20分钟。弃去上清后，RNA沉淀用1 mL 75%乙醇洗涤两次，然后于4°C、13,600 rpm离心3分钟以收集残留乙醇，随后在生物安全柜中将沉淀风干5-10分钟。

最后，加入25μL~100μL的DEPC处理水溶解RNA。随后，使用Nano Drop和Agilent 2100生物分析仪（Thermo Fisher Scientific，美国马萨诸塞州）对总RNA进行质量鉴定和定量。结果：使用SOAPnuke（v1.5.2）（Li等，2008）对测序数据进行过滤，具体步骤包括：（1）去除含有测序接头的reads；（2）去除低质量碱基比例（碱基质量小于或等于5）超过20%的reads；（3）去除未知碱基（'N’碱基）比例超过5%的reads，之后获得clean reads并以FASTQ格式保存。使用HISAT2（v2.0.4）（Kim等，2015）将clean reads比对到参考基因组。应用Bowtie2（v2.2.5）（Langmead和Salzberg，2012）将clean reads比对到参考编码基因集，并且

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。