PRJNA622691：利用人多能干细胞来源结肠类器官鉴定阻断SARS-CoV-2感染的药物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA622691

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

当前的COVID-19大流行是由新型冠状病SARS冠状病毒2型（SARS-CoV-2）引起的。由于缺乏疫苗且对SARS-CoV-2病毒生物学了解有限，目前尚无缓解该疾病的治疗选择。因此，迫切需要创建新的疾病模型来研究SARS-CoV-2生物学，并利用与人类疾病相关的组织筛选治疗方法。COVID-19患者常表现出呼吸道症状，包括咳嗽、呼吸困难和呼吸窘迫，但超过25%的呼吸功能障碍患者中，许多COVID-19患者还有消化系统症状，包括厌食、腹泻、呕吐和腹痛。此外，这些症状与更严重的COVID-19结局相关1。在此，我们报告使用人类多能干细胞衍生的结肠类器官（hPSC-COs）来探索不同结肠细胞类型对SARS-CoV-2感染的易感性。单细胞RNA测序和免疫染色显示，推测的病毒进入受体ACE2在多种hESC衍生的结肠细胞中表达，但在hPSC衍生的KRT20+肠上皮细胞中高度富集。

COs中的不同细胞类型可被SARS-CoV-2假型入侵病毒感染，并使用人源化小鼠模型在体内进一步验证。最后，我们将hPSC来源的COs适配到高通量平台，以筛选1280种FDA批准的药物。研究发现霉酚酸可阻断COs中SARS-CoV-2假型入侵病毒的进入，并证实其可阻断SARS-CoV-2病毒感染。总之，本研究建立了体外和体内类器官模型，以研究SARS-CoV-2感染疾病相关的人结肠细胞类型，并鉴定出一种适合快速临床试验、可阻断SARS-CoV-2感染的药物。总体设计：对感染SARS-CoV-2假型入侵病毒的人多能干细胞来源结肠类器官（hPSC-COs）进行scRNA-seq分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。